జర్నల్ ఆఫ్ డేటా మైనింగ్ ఇన్ జెనోమిక్స్ & ప్రోటీమిక్స్

నైరూప్య

మొత్తం-ప్రోటీమ్ ట్రీ ఆఫ్ ఇన్‌సెక్ట్స్: ఇన్ఫర్మేషన్-థియరీ-బేస్డ్ “అలైన్‌మెంట్-ఫ్రీ” ఫైలోజెని అండ్ గ్రూపింగ్ ఆఫ్ “ప్రోటీమ్ బుక్స్”

జేజిన్ చోయ్, బైంగ్-జు కిమ్, సుంగ్-హౌ కిమ్

నేపధ్యం: కీటకాల యొక్క "జీవి వృక్షం", అన్ని సజీవ జంతువులలో అతిపెద్ద మరియు అత్యంత జాతుల-వైవిధ్య సమూహం, ప్రస్తుతం ఉన్న కీటకాల యొక్క సంక్లిష్టమైన మరియు అనూహ్యమైన పరిణామ కోర్సుల యొక్క సరళీకృత కథనాన్ని సంగ్రహించడానికి ఒక రూపక మరియు సంభావిత చెట్టుగా పరిగణించబడుతుంది. ప్రస్తుతం, ప్రతి జీవికి ప్రాతినిధ్యం వహించడానికి ఎంపిక చేయబడిన ప్రతి జన్యువులు/ప్రోటీన్‌ల యొక్క అత్యంత సమలేఖనం చేయగల ప్రాంతాల సమూహాన్ని ఎంచుకోవడం ద్వారా జీవి చెట్టుకు సర్రోగేట్‌గా "జన్యు వృక్షాన్ని" నిర్మించడం అత్యంత సాధారణ విధానం. అయినప్పటికీ, అటువంటి ఎంపిక చేయబడిన ప్రాంతాలు అన్ని జన్యువులు/ప్రోటీన్లలో ఒక చిన్న భాగానికి మరియు జీవి యొక్క మొత్తం జన్యువులో కూడా చిన్న భాగానికి కారణమవుతాయి. గత దశాబ్దాలలో, ప్రస్తుతం ఉన్న అనేక కీటకాల యొక్క పూర్తి-జన్యు శ్రేణులు అందుబాటులోకి వచ్చాయి, సీక్వెన్స్ అలైన్‌మెంట్ (అలైన్‌మెంట్-ఫ్రీ మెథడ్) లేకుండా ఇన్ఫర్మేషన్ థియరీని ఉపయోగించి కీటకాల యొక్క "పూర్తి-జీనోమ్ లేదా పూర్తి-ప్రోటీమ్ ట్రీ"ని నిర్మించడానికి అవకాశాన్ని అందిస్తుంది.

ఫలితాలు: కీటకాల యొక్క పూర్తి-ప్రోటీమ్ చెట్టు (ఎ) జనాభా సమూహ-నమూనా జన్యు వృక్షాలలో మాదిరిగానే ఉంటుందని చూపిస్తుంది, అయితే సమూహాల శాఖల క్రమంలో గుర్తించదగిన తేడాలు ఉన్నాయి, అందువలన, జంటల మధ్య సోదర సంబంధాలు సమూహాలు; మరియు (బి) ప్రధాన సమూహాల వ్యవస్థాపకులందరూ చెట్టు యొక్క మూలానికి సమీపంలో "పేలుడు పేలుడు" లో ఉద్భవించారు.

తీర్మానం: ఒక జీవి యొక్క మొత్తం-ప్రోటీమ్ క్రమాన్ని అమైనో-యాసిడ్ వర్ణమాలల "పుస్తకం"గా పరిగణించవచ్చు కాబట్టి, సమాచార సిద్ధాంతం యొక్క టెక్స్ట్ విశ్లేషణ పద్ధతిని ఉపయోగించి, సీక్వెన్స్‌ల అమరిక లేకుండా పుస్తకాల చెట్టును నిర్మించవచ్చు. అటువంటి చెట్టు ప్రస్తుతం ఉన్న కీటకాల మధ్య పరిణామం మరియు బంధుత్వం యొక్క కథనాన్ని నిర్మించడానికి ప్రత్యామ్నాయ దృక్కోణాన్ని అందిస్తుంది.