జర్నల్ ఆఫ్ ఫార్మకోజెనోమిక్స్ & ఫార్మాకోప్రొటోమిక్స్

నైరూప్య

NGS-HERC విశ్లేషణ కోసం DNA ఐసోలేషన్ పద్ధతుల ధృవీకరణ

వనజా రాస్కానెక్

నేపధ్యం- లక్ష్యం: ఆంకాలజీలో తదుపరి తరం సీక్వెన్సింగ్ (NGS) విశ్వసనీయ NGS ఫలితాలను పొందేందుకు మరియు తర్వాత ఖచ్చితమైన డేటా విశ్లేషణను పొందడానికి అధిక నాణ్యత ప్రారంభ నమూనా మెటీరియల్‌తో ప్రారంభమవుతుంది. DNA యొక్క దిగుబడి లింఫోసైట్ సంఖ్యతో పరస్పర సంబంధం కలిగి ఉన్న ఒకే నమూనా నుండి DNA ఐసోలేషన్ యొక్క మూడు వేర్వేరు పద్ధతుల తయారీదారు డేటా యొక్క సంక్షిప్త ధృవీకరణను ఇక్కడ మేము ప్రదర్శిస్తాము. పద్ధతులు: ఇల్యూమినా మిసెక్ ప్లాట్‌ఫారమ్‌లో NGS వంశపారంపర్య క్యాన్సర్ ప్యానెల్ (HERC) పరీక్ష కోసం సూచించబడిన రోగుల నుండి మొత్తం రక్త నమూనాలను EDTA ట్యూబ్‌లలో సేకరించారు. మేము 30 మంది రోగులకు నంబర్లను అందించాము. Sysmex XN-1000 ఎనలైజర్‌లో లింఫోసైట్ సంఖ్య నిర్ణయించబడింది. 200 µL మొత్తం రక్తం లేదా బఫీ కోట్ నుండి DNA వేరుచేయబడింది మరియు QIAcubeలోని మొత్తం రక్తం నుండి కూడా Qiagen కిట్ QiaAmp DNA బ్లడ్ మినీ కిట్‌ని ఉపయోగించి DNA వేరుచేయబడింది. నానోడ్రాప్™ లైట్ స్పెక్ట్రోఫోటోమీటర్ మరియు క్యూబిట్4పై ఏకాగ్రత కొలవబడింది. ఫలితాలు:, పొందిన ఫలితాల ప్రకారం, మేము ఆంకాలజీ రోగులలో NGS విశ్లేషణ కోసం సరైన DNA ఐసోలేషన్ పద్ధతిని ఉపయోగించే ప్రోటోకాల్‌ను ఏర్పాటు చేసాము. మేము మూడు వేర్వేరు ప్రారంభ నమూనాలు మరియు పద్ధతుల DNA సాంద్రతను పోల్చాము. లింఫోసైట్ కౌంట్ తక్కువగా ఉన్నట్లయితే, 1,0 x 109/L సరైన నమూనా బఫీ కోట్ మరియు QiaAmp పద్ధతి. లింఫోసైట్ కౌంట్ 1,0 మరియు 2,5x109/L మధ్య ఉంటే సరైన నమూనా మొత్తం రక్తం మరియు QiaAmp పద్ధతి. లైమ్‌ఫోసైట్ కౌంట్ ఎక్కువగా ఉన్నప్పుడు 2,5x109/L QIAcube ఐసోలేషన్‌ను అధిక నాణ్యత DNA పొందేందుకు మరియు అనుసరించే NGS విశ్లేషణకు సరిపోయే కనిష్టంగా 30 ng/µl DNA గాఢతను పొందేందుకు ప్రాసెస్ చేయవచ్చు. ముగింపు: ఆంకాలజీ రోగులలో సంభావ్య తక్కువ లింఫోసైట్ సంఖ్యను పరిగణనలోకి తీసుకుని, NGS విశ్లేషణ కోసం చెల్లుబాటు అయ్యే DNA నమూనాను నిర్ధారించడానికి వివిధ ప్రారంభ నమూనాలు మరియు పద్ధతులను ఉపయోగించి DNA ఐసోలేషన్ కోసం మేము సరైన ప్రోటోకాల్‌ను అభివృద్ధి చేసాము.