జర్నల్ ఆఫ్ డేటా మైనింగ్ ఇన్ జెనోమిక్స్ & ప్రోటీమిక్స్

నైరూప్య

యూనిట్లు: యూనివర్సల్ ట్రూ SDSA (స్ట్రక్చర్-డిపెండెంట్ సీక్వెన్స్ అలైన్‌మెంట్)

స్కాట్ ఫోయ్ మరియు గెరాల్డ్ వైకాఫ్

ప్రేరణ: యూనివర్సల్ ట్రూ SDSA (స్ట్రక్చర్-డిపెండెంట్ సీక్వెన్స్ అలైన్‌మెంట్), లేదా యూనిట్స్, ప్రోగ్రామ్ బహుళ సూపర్‌పోజ్డ్ ప్రొటీన్ త్రీ-డైమెన్షనల్ స్ట్రక్చర్‌ల నుండి పొందిన అత్యంత సంభావ్య అమైనో యాసిడ్ సీక్వెన్స్ అలైన్‌మెంట్‌ను గణిస్తుంది. అదనంగా, కొత్తగా రూపొందించబడిన ఈ SDSAని ఉపయోగించడం ద్వారా, UniTS సూపర్‌పోజ్ చేయబడిన ప్రోటీన్ నిర్మాణాల కోసం మెరుగైన నాణ్యత అంచనా స్కోర్‌లను (ఉదా, RMSD, మొదలైనవి) గణిస్తుంది. పరమాణు సామీప్యాన్ని ఉపయోగించి సమలేఖనం చేయబడిన ప్రోటీన్ త్రీ-డైమెన్షనల్ స్ట్రక్చర్‌ల నుండి అమైనో యాసిడ్ సీక్వెన్స్ అలైన్‌మెంట్‌ను పొందేందుకు ఇతర అల్గారిథమ్‌లు అభివృద్ధి చేయబడినప్పటికీ, వీటిలో ఏవీ సముచితంగా బహుళ అవశేషాల మ్యాచ్‌లను నిర్వహించవు, అవశేషాల యొక్క తప్పు క్రమాన్ని నిరోధిస్తాయి మరియు క్రమబద్ధంగా లేని ప్రాంతాలను సమలేఖనం చేయవు. అవశేష ప్రొఫైల్ ఆధారిత SDSA ప్రోగ్రామ్‌లు మరియు స్ట్రక్చరల్ అలైన్‌మెంట్ ప్రోగ్రామ్‌లలో అంతర్లీనంగా ఉన్న బలహీనతలను UniTS భర్తీ చేస్తుంది. థ్రెడింగ్ మరియు హోమోలజీ మోడలింగ్‌కు పూర్వగాములుగా ఉపయోగించిన అవశేష ప్రొఫైల్-ఆధారిత SDSA ప్రోగ్రామ్‌ల వలె కాకుండా, UniTS నిజంగా నిర్మాణంపై ఆధారపడి ఉంటుంది. ఫలితాలు: స్ట్రక్చరల్ అలైన్‌మెంట్ ప్రోగ్రామ్‌ల నుండి ఉత్పన్నమైన పాక్షిక శ్రేణి అమరికతో పోలిస్తే పూర్తి ప్రోటీన్ కోసం యూనివర్సల్ సీక్వెన్స్ అలైన్‌మెంట్‌ను యూనిట్స్ లెక్కిస్తుందని ఇక్కడ అందించిన ఫలితాలు చూపిస్తున్నాయి. ఇంకా, ఈ ఫలితాలు సూపర్‌పొజిషనింగ్ ప్రోగ్రామ్‌లో సీక్వెన్స్ అలైన్‌మెంట్ ఇన్‌పుట్‌ను మెరుగుపరచడానికి యూనిట్ల సామర్థ్యాన్ని ప్రదర్శిస్తాయి మరియు మెరుగైన స్ట్రక్చరల్ క్వాలిటీ అసెస్‌మెంట్ స్కోర్‌లను లెక్కించడానికి ఈ రిఫైన్డ్ అలైన్‌మెంట్‌ను ఉపయోగించుకుంటాయి. చివరగా, నాణ్యత స్కోర్ ఉత్పత్తి సామర్థ్యం