జర్నల్ ఆఫ్ డేటా మైనింగ్ ఇన్ జెనోమిక్స్ & ప్రోటీమిక్స్

నైరూప్య

రియల్ టైమ్ క్వాంటిటేటివ్ పాలిమరేస్ చైన్ రియాక్షన్‌ని ఉపయోగించి బయోమార్కర్ మరియు బయోసెన్సర్‌గా ప్లాస్టోమ్ యొక్క సంభావ్య పాత్ర

అమిత పాండే*, షిఫా చౌదరి, బిను భట్

ప్లాస్టిడ్‌లు కిరణజన్య సంయోగక్రియ, శక్తి ఉత్పత్తి, అభివృద్ధి, ఒత్తిడి అవగాహన, నిల్వ, పుష్పించే మరియు పండ్లు పండించడం వంటి అనేక కీలకమైన మరియు క్లిష్టమైన విధులను నిర్వర్తించే మొక్కలకు ప్రత్యేకమైన సెమీఅటానమస్ యూకారియోటిక్ అవయవాలు. క్లోరోప్లాస్ట్ సంఖ్య, ప్లాస్టిడ్ సబ్టైప్ బయోటిక్ మరియు అబియోటిక్ ఒత్తిళ్ల ద్వారా ప్రభావితమవుతుందని అధ్యయనాలు చూపించాయి మరియు ప్లాస్టిడ్‌లలో ఉండే ప్లాస్టోమ్ కాపీ సంఖ్య (PCN), వృత్తాకార DNA అణువులు అభివృద్ధి దశ మరియు పర్యావరణ ఉద్దీపనల ద్వారా నియంత్రించబడతాయి. ఈ అధ్యయనం మొదటిసారిగా PCNని బయోమార్కర్ మరియు బయోసెన్సర్‌గా ఉపయోగించాలని ప్రతిపాదించింది, ఆకులు మరియు పత్తి యొక్క మెత్తటి నమూనాలు మరియు పత్తి మరియు విత్తనాల నమూనాల నుండి ప్లాస్టిడ్ tRNA నిర్దిష్ట ప్రైమర్‌లను ఉపయోగించడం ద్వారా రెండు సంవత్సరాల వ్యవధిలో పొందిన నిజ-సమయ qPCR డేటాను అన్వయించడం ఆధారంగా. బియ్యం, సోయాబీన్, మొక్కజొన్న మరియు నువ్వులు. PCNని ఉపయోగించవచ్చు ఎందుకంటే న్యూక్లియర్ DNAకి విరుద్ధంగా PCN అంతర్గత మరియు బాహ్య కారకాలు రెండింటి ద్వారా మాడ్యులేట్ చేయబడింది, ఈ పద్ధతికి ప్లాస్టోమ్ సీక్వెన్స్ గురించి ముందస్తు జ్ఞానం అవసరం లేదు, ఎందుకంటే ఉపయోగించిన ప్రైమర్‌లు అన్ని మొక్కల జాతి, PCN యొక్క ప్లాస్టోమ్‌ను లక్ష్యంగా చేసుకున్న యూనివర్సల్ ప్రైమర్‌లు. న్యూక్లియర్ కంటే చాలా ఎక్కువ, మరియు PCNని qPCR పరీక్షల ద్వారా వేగంగా నిర్ణయించవచ్చు. సగటు Ct విలువలు, సగటు లాగ్ PCN విలువలు మరియు పత్తి విత్తనం మరియు పత్తి ముడి యొక్క లాగ్ PCN విలువల శ్రేణి యొక్క విశ్లేషణ, పత్తి నమూనాలను కలిగి ఉన్న విత్తనం, రెండు సంవత్సరాల వ్యవధిలో వివిధ మూలాల నుండి ప్రాసెస్ చేయబడిన మరియు పొందిన నమూనాలలో PCN 4 ప్లాస్టోమ్‌ల వరకు తేడాను చూపుతుంది, అంటే వివిధ నమూనాల మధ్య లాగ్ 0.58, ఇది PCN యొక్క సంభావ్య వినియోగాన్ని సూచిస్తుంది మొక్కల జాతి నిర్ధారణకు బయోమార్కర్. అంతేకాకుండా, అధిక సగటు PCN (లాగ్ 3.86) మరియు తక్కువ శ్రేణి PCN (లాగ్ 0.05)తో పోలిస్తే విరిగిన డీహస్క్డ్ రైస్ (RS) కోసం తక్కువ సగటు PCN (లాగ్ 2.9) మరియు అధిక శ్రేణి PCN (లాగ్ 3.09) యొక్క పరిశీలన. ), కోత అనంతర ప్రాసెసింగ్ మరియు నిల్వ సమయంలో పొట్టు వరి విత్తనాన్ని రక్షిస్తుంది, PCN విత్తన నాణ్యతకు సూచిక అని సూచిస్తుంది. వరి విత్తనాలు అధిక ఉష్ణోగ్రత మరియు తేమతో చికిత్స చేయబడిన అబియోటిక్ కారకాల ద్వారా PCN మాడ్యులేట్ చేయబడుతుందనే మా ఊహకు మద్దతుగా, అధిక ఉష్ణోగ్రతకు గురైన విత్తనాలు చికిత్స చేయని విత్తనాలతో పోల్చినప్పుడు అధిక సగటు Ct విలువలను ప్రదర్శిస్తాయి, ఇది PCNలో తగ్గుదలని సూచిస్తుంది. ముగింపులో, PCNని బయోమార్కర్ మరియు బయోసెన్సర్‌గా సమర్థవంతంగా ఉపయోగించవచ్చు.