జర్నల్ ఆఫ్ డేటా మైనింగ్ ఇన్ జెనోమిక్స్ & ప్రోటీమిక్స్

నైరూప్య

CglE యొక్క FAD-బైండింగ్ డొమైన్ యొక్క స్ట్రక్చరల్ క్యారెక్టరైజేషన్, మెనింజైటిక్ E. coli K1 లో పుటేటివ్ డీహైడ్రోలిపోమైడ్ డీహైడ్రోజినేస్

యి-మింగ్ వాంగ్ మరియు హాంగ్ కావో

హోమోలజీ మోడలింగ్ ద్వారా డీహైడ్రోలిపోమైడ్ డీహైడ్రోజినేస్ (DLDH) అయిన E. coli K1 CglE యొక్క FAD-బైండింగ్ డొమైన్ యొక్క నిర్మాణ లక్షణాలను వర్గీకరించడానికి. E. coli K1 మరియు ఇతర DLDHల యొక్క CglE నుండి FAD-బైండింగ్ డొమైన్ యొక్క a-సబ్యూనిట్‌తో N-టెర్మినల్ అవశేషాలు 1-70 యొక్క సీక్వెన్స్ సారూప్యత CglE యొక్క FAD-బైండింగ్ డొమైన్ రూపకల్పనకు ఆధారాన్ని అందించింది. CglE కోసం హోమోలజీ మోడలింగ్ కోసం ఏ ఒక్క సంతృప్తికరమైన టెంప్లేట్ కనుగొనబడనందున, బహుళ-టెంప్లేట్‌ల మోడలింగ్ కోసం ఆన్‌లైన్ హోమోలజీ మోడలింగ్ విధానం ద్వారా రెండు టెంప్లేట్‌లు (PDB కోడ్ 2q7vA మరియు 1jehA) పొందబడ్డాయి. అధిక నాణ్యత గల టార్గెట్ ప్రొటీన్‌ని పొందేందుకు, ఒక కంప్యూటేషనల్ బయోఇన్ఫర్మేటిక్ సాఫ్ట్‌వేర్ Accelrys Discovery Studio క్లయింట్ 2.5 మరియు అనేక ఆటోమేటెడ్ ఆన్‌లైన్ సర్వర్‌లు ఉపయోగించబడ్డాయి. అమరికల యొక్క సాపేక్షంగా తక్కువ గుర్తింపు కారణంగా, హోమోలజీ మోడల్‌ను మెరుగుపరచడానికి ప్రయత్నిస్తున్న రెండు టెంప్లేట్‌లు పరిగణనలోకి తీసుకోబడ్డాయి. MD అనుకరణలు, శక్తి కనిష్టీకరణలు, రామచంద్రన్ ప్లాట్ మరియు ఇతర కొలతలతో సహా రేఖాగణిత మరియు శక్తివంతమైన రెండు అంశాల ఆధారంగా రీనెడ్ మోడల్ నాణ్యత అంచనా వేయబడింది.