జర్నల్ ఆఫ్ డేటా మైనింగ్ ఇన్ జెనోమిక్స్ & ప్రోటీమిక్స్

నైరూప్య

దీనిపై సంక్షిప్త వ్యాఖ్యానం: నిర్మాణ నమూనాలను ఉపయోగించి C2H2-ZF డొమైన్‌ల DNA-బైండింగ్ ప్రాధాన్యతల అంచనాపై: మానవ CTCFపై అప్లికేషన్

అల్బెర్టో మెసెగూర్, రూబెన్ మోలినా-ఫెర్నాండెజ్, నార్సిస్ ఫెర్నాండెజ్-ఫుయెంటెస్, ఓరియోల్ ఫోర్న్స్*, బాల్డో ఒలివా*

“నిర్మాణ నమూనాలను ఉపయోగించి C2H2-ZF డొమైన్‌ల DNA-బైండింగ్ ప్రాధాన్యతల అంచనాపై: మానవ CTCFపై అప్లికేషన్” అనే శీర్షికతో మేము Cis2-His2 జింక్ ఫింగర్ (C2H2-ZF) కోసం DNA-బైండింగ్ ప్రాధాన్యతలను అంచనా వేయడానికి కొత్త గణన పద్ధతిని అందిస్తున్నాము. ) ప్రోటీన్-డొమైన్‌లు వాటి అమైనో యాసిడ్ సీక్వెన్స్ లేదా స్ట్రక్చర్ నుండి. విజ్ఞాన-ఆధారిత గణాంక పొటెన్షియల్‌ల సమితిని లెక్కించడానికి ఈ పద్ధతి ప్రోటీన్-DNA కాంప్లెక్స్‌ల నిర్మాణాలను ఉపయోగిస్తుంది. తెలిసిన నిర్మాణంతో తక్కువ సంఖ్యలో ప్రోటీన్-DNA కాంప్లెక్స్‌లు ఉన్నందున, మేము 170000 కంటే ఎక్కువ సీక్వెన్స్-డిజైన్ చేయబడిన C2H2-ZF డొమైన్‌ల ప్రయోగాత్మక ఈస్ట్-వన్-హైబ్రిడ్ ఇంటరాక్షన్‌లతో నిర్మాణాల సమితిని భర్తీ చేస్తాము. మేము ఈ కుటుంబానికి చెందిన ఏదైనా ప్రొటీన్-DNA కాంప్లెక్స్ యొక్క నిర్మాణాన్ని మోడల్ చేయడానికి మరియు గణాంక పొటెన్షియల్‌లతో లెక్కించిన ఉత్తమ పరస్పర చర్యల ఆధారంగా దాని సైద్ధాంతిక స్థానం బరువు మాతృకను రూపొందించడానికి సర్వర్‌ని అమలు చేసాము. విధానం ధృవీకరించబడింది మరియు CTCF యొక్క మానవ శ్రేణికి వర్తించబడుతుంది.