జర్నల్ ఆఫ్ డేటా మైనింగ్ ఇన్ జెనోమిక్స్ & ప్రోటీమిక్స్

నైరూప్య

PDB విశ్వం యొక్క త్వరిత విశ్వసనీయ అన్వేషణ కొత్త టెంప్లేట్ శోధన అల్గారిథమ్‌ను కోరుతుంది

సునీల్ నహతా మరియు ఆశిష్ రుంతలా

టెంప్లేట్ బేస్డ్ మోడలింగ్ (TBM) ద్వారా సమీప-స్థానిక ప్రోటీన్ నిర్మాణ అంచనా అనేక సంవత్సరాలుగా నిర్మాణాత్మక జీవశాస్త్రం యొక్క ప్రధాన వాస్తవిక లక్ష్యం. TBM అల్గారిథమ్‌లకు టార్గెట్ ప్రోటీన్ సీక్వెన్స్‌ను గరిష్టంగా కవర్ చేయడానికి మరియు దాని సరైన టోపోలాజీని రూపొందించడానికి ఉత్తమమైన టెంప్లేట్‌లు అవసరం. అయినప్పటికీ, అటువంటి ప్రిడిక్షన్ అల్గారిథమ్‌ల యొక్క ఖచ్చితత్వం మా టెంప్లేట్ శోధన చర్యల యొక్క అల్గారిథమిక్ మరియు లాజికల్ సమస్యలతో బాధపడుతోంది, ఇది లక్ష్య క్రమం కోసం విశ్వసనీయ నిర్మాణాలను త్వరగా పరీక్షించడంలో విఫలమవుతుంది. ఈ అధ్యయనంలో, సాధారణంగా ఉపయోగించే శోధన ఇంజిన్‌లు PSI-BLAST మరియు HHPred యొక్క సామర్థ్యాన్ని అంచనా వేయడానికి CASP10 టార్గెట్ T0752 మోడల్‌లను అంచనా వేయడానికి మేము 41,967 టెంప్లేట్‌ల యొక్క PDB95 డేటాసెట్‌ను ఉపయోగించాము. మా విశ్లేషణ TBM ప్రిడిక్షన్ మెథడాలజీల యొక్క ఖచ్చితత్వాన్ని మెరుగుపరచడానికి కొత్త విస్టాలను తెరవడానికి ఒక వివరణాత్మక అధ్యయనాన్ని అందిస్తుంది. ఇది అత్యంత జనాదరణ పొందిన టెంప్లేట్ శోధన చర్యల యొక్క బలహీనతలను వెల్లడిస్తుంది మరియు తద్వారా మరింత విశ్వసనీయమైన టెంప్లేట్ శోధన అల్గారిథమ్ యొక్క ఆవశ్యకతను వివరించడానికి ముందుగా ఊహించిన టెంప్లేట్ శోధన అల్గారిథమ్ యొక్క లక్షణాలపై క్లుప్తంగా ముఖ్యమైన అంతర్దృష్టిని అందిస్తుంది.