జర్నల్ ఆఫ్ డేటా మైనింగ్ ఇన్ జెనోమిక్స్ & ప్రోటీమిక్స్

నైరూప్య

PGR: ప్రోటీన్ 3D-నిర్మాణాల యొక్క నవల గ్రాఫ్ రిపోజిటరీ

వాజ్ది ధిఫ్లి మరియు అబ్దులే బనిరే డియల్లో*

గ్రాఫ్ సిద్ధాంతం మరియు గ్రాఫ్ మైనింగ్ గ్రాఫ్‌ల నిర్మాణాలు, టోపోలాజీలు మరియు లక్షణాలను అధ్యయనం చేయడానికి గణన పద్ధతుల యొక్క గొప్ప రంగాలను కలిగి ఉన్నాయి. బయోలాజికల్ డేటాను గ్రాఫ్‌లుగా మార్చడానికి సమర్థవంతమైన పద్ధతులు ఉంటే ఈ పద్ధతులు బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్‌లో మంచి ఆస్తిగా ఉంటాయి. ఈ పేపర్‌లో, ప్రోటీన్ మైనింగ్‌లో గ్రాఫ్ థియరీ టెక్నిక్‌ల యొక్క పెద్ద కచేరీలను ఉపయోగించడానికి అనుమతించే గ్రాఫ్‌లుగా రూపాంతరం చెందిన ప్రోటీన్ 3D-నిర్మాణాల యొక్క నవల డేటాబేస్ అయిన ప్రోటీన్ గ్రాఫ్ రిపోజిటరీ (PGR)ని మేము అందిస్తున్నాము. ఈ రిపోజిటరీ ప్రోటీన్ డేటా బ్యాంక్ (PDB)లో వివరించిన ప్రస్తుతం తెలిసిన అన్ని ప్రోటీన్ 3D-నిర్మాణాల గ్రాఫ్ ప్రాతినిధ్యాలను కలిగి ఉంది. PGR ప్రోటీన్ 3D స్ట్రక్చర్‌లను గ్రాఫ్‌లుగా, బయోలాజికల్ మరియు గ్రాఫ్-ఆధారిత వివరణ, ప్రీ-కంప్యూటెడ్ ప్రోటీన్ గ్రాఫ్ లక్షణాలు మరియు గణాంకాలు, ప్రతి ప్రోటీన్ గ్రాఫ్ యొక్క విజువలైజేషన్, అలాగే గ్రాఫ్-ఆధారిత ప్రోటీన్ సారూప్యత శోధన సాధనంగా సమర్థవంతమైన ఆన్‌లైన్ కన్వర్టర్‌ను కూడా అందిస్తుంది. ఇటువంటి రిపోజిటరీ గ్రాఫ్ మైనింగ్ మరియు ప్రోటీన్ స్ట్రక్చర్ అనాలిసిస్ మధ్య అంతరాన్ని తగ్గించడంలో సహాయపడే ప్రస్తుత ఆన్‌లైన్ డేటాబేస్‌ల యొక్క సుసంపన్నతను అందిస్తుంది. PGR డేటా మరియు ఫీచర్లు ప్రత్యేకమైనవి మరియు ఏ ఇతర ప్రోటీన్ డేటాబేస్లో చేర్చబడలేదు. రిపోజిటరీ http://wjdi.bioinfoలో అందుబాటులో ఉంది. uqam.ca/