జర్నల్ ఆఫ్ డేటా మైనింగ్ ఇన్ జెనోమిక్స్ & ప్రోటీమిక్స్

నైరూప్య

నోడ్-ఓరియెంటెడ్ వర్క్‌ఫ్లో (ఇప్పుడు): అధిక నిర్గమాంశ డేటా విశ్లేషణ పైప్‌లైన్‌ల కోసం కమాండ్ టెంప్లేట్ వర్క్‌ఫ్లో మేనేజ్‌మెంట్ సాధనం

 ఎరిక్ B. లిప్స్కీ, బ్రియాన్ R. కింగ్, గెరార్డ్ ట్రాంప్

నెక్స్ట్ జనరేషన్ సీక్వెన్సింగ్ (NGS) సిస్టమ్‌లు పెద్ద మొత్తంలో డేటాను ఉత్పత్తి చేస్తాయి సాధారణ విశ్లేషణ పనుల కోసం గణన వనరులు. అదనంగా, వివిధ NGS సిస్టమ్‌ల ద్వారా ఉత్పత్తి చేయబడిన డేటా సజాతీయంగా ఉండదు. అంతేకాకుండా, విలక్షణమైన పనులను నిర్వహించడానికి అధిక సంఖ్యలో సాధనాలు అందుబాటులో ఉన్నాయి. NGS వర్క్‌ఫ్లోలను నిర్వహించడం అనేది క్లిష్టతతో త్వరగా పెరిగే అనుకూల స్క్రిప్ట్‌లను వ్రాయడం, తరచుగా విలక్షణమైన అధిక పనితీరు గణన వనరులను ఉపయోగించని అసమర్థ వర్క్‌ఫ్లోలకు దారి తీస్తుంది మరియు ఈ వర్క్‌ఫ్లోలను నిర్వహించే సిబ్బంది యొక్క డిమాండ్‌లను పెంచుతుంది. మేము అధిక పనితీరు డిస్ట్రిబ్యూట్ కంప్యూటింగ్ (HPC) సిస్టమ్‌ల కోసం డైనమిక్ కమాండ్ టెంప్లేట్ వర్క్‌ఫ్లో ఇంజిన్ అయిన నోడ్-ఓరియెంటెడ్ వర్క్‌ఫ్లో (NOW)ని అందిస్తున్నాము. సంక్లిష్ట వర్క్‌ఫ్లోల రూపకల్పన మరియు నిర్వహణ కోసం మా సిస్టమ్ ఉపయోగించడానికి సులభమైన బ్రౌజర్ ఆధారిత ఫ్రంట్ ఎండ్‌ను అందిస్తుంది. వర్క్‌ఫ్లోలు సాధారణ బ్రౌజర్ ఇంటర్‌ఫేస్‌ని ఉపయోగించి కాన్ఫిగర్ చేయబడతాయి మరియు ఇంటిగ్రేటెడ్ జాబ్ ఇంజిన్ ద్వారా నిర్వహించబడతాయి, ఇది నోడ్‌లను ప్రారంభిస్తుంది, నోడ్ స్థితిని పర్యవేక్షిస్తుంది మరియు HPC కాన్ఫిగరేషన్‌లో నోడ్‌ల అంతటా వ్యక్తిగత ఉద్యోగాల ఫలితాలను ప్రాసెస్ చేస్తుంది. మేము అంతటా అధిక మెసేజింగ్‌ను తగ్గిస్తాము డిపెండెన్సీలు కలిసినప్పుడు వర్క్‌ఫ్లో టాస్క్‌లను ప్రారంభించడానికి నోడ్‌లపై భారాన్ని ఉంచడం ద్వారా నోడ్‌లు, అంటే నోడ్ ఓరియెంటెడ్ వర్క్‌ఫ్లో. HPC వాతావరణంలో నిర్గమాంశను పెంచుతూ, వినియోగదారు సరళత, సాధనాల స్కేలబిలిటీ, వర్క్‌ఫ్లోలలో రిడెండెన్సీని కనిష్టీకరించడం వంటి వాటిని నొక్కిచెబుతూ, క్లినికల్ రీసెర్చ్ సెట్టింగ్‌లో NGS ప్రాసెసింగ్ కోసం మా సిస్టమ్ రూపొందించబడింది. ఇంకా, ఇప్పుడు NGS పైప్‌లైన్ నిర్వహణకు పరిమితం కాలేదు, కానీ ఏదైనా గణన పైప్‌లైన్‌ని నిర్వహించడానికి ఉపయోగించవచ్చు.