జర్నల్ ఆఫ్ డేటా మైనింగ్ ఇన్ జెనోమిక్స్ & ప్రోటీమిక్స్

నైరూప్య

mBLAST: (మెటా) జీనోమ్ విశ్లేషణ కోసం సీక్వెన్సింగ్ ఎక్స్‌ప్లోషన్‌ను కొనసాగించడం

కర్టిస్ డేవిస్, కార్తీక్ కోట, వెంకట్ బల్దండపాణి, వీ గాంగ్, సహర్ అబుబకర్, ఎరిక్ బెకర్, జాన్ మార్టిన్, క్రిస్టీన్ ఎం. వైలీ, రాధికా ఖేతాని, మాథ్యూ ఇ. హడ్సన్, జార్జ్ ఎం. వెయిన్‌స్టాక్ వెయిన్‌స్టాక్ మరియు మకెడొంకా మిత్రేవా

తదుపరి తరం సీక్వెన్సింగ్ సాంకేతికతలలో ఇటీవలి పురోగతులకు అలైన్‌మెంట్ అల్గారిథమ్‌లు మరియు అధిక డేటా ఉత్పత్తికి అనుగుణంగా ఉండే సాఫ్ట్‌వేర్ అవసరం. ప్రామాణిక అల్గారిథమ్‌లు, ముఖ్యంగా ప్రోటీన్ సారూప్యత శోధనలు, విశ్లేషణ పైప్‌లైన్‌లలో ముఖ్యమైన అడ్డంకులను సూచిస్తాయి. ప్రత్యేకించి మెటాజెనోమిక్ విధానాల కోసం, పెద్ద డేటాబేస్‌లకు వ్యతిరేకంగా వందల మిలియన్ల సీక్వెన్స్ రీడ్‌లను శోధించడం ఇప్పుడు తరచుగా అవసరం. ఇక్కడ మేము mBLAST, ప్రాథమిక స్థానిక సమలేఖనం శోధన సాధనం (BLAST) ఆధారంగా పెద్ద డేటాసెట్‌లకు అనువదించబడిన మరియు/లేదా ప్రోటీన్ అమరికల కోసం వేగవంతమైన శోధన అల్గోరిథం మరియు BLAST యొక్క అధిక సున్నితత్వాన్ని నిలుపుకుంటాము. పెద్ద డేటాసెట్‌ల కోసం నేషనల్ సెంటర్ ఫర్ బయోటెక్నాలజీ ఇన్ఫర్మేషన్ (NCBI) ప్రోగ్రామ్‌లు BLASTX, TBLASTX మరియు BLASTP కంటే mBLAST అల్గారిథమ్‌లు గణనీయమైన వేగాన్ని సాధిస్తాయి, ప్రామాణిక కంప్యూటర్ ఆర్కిటెక్చర్‌లపై సహేతుకమైన సమయ వ్యవధిలో విశ్లేషణను అనుమతిస్తుంది. ఈ వ్యాసంలో, హ్యూమన్ మైక్రోబయోమ్ ప్రాజెక్ట్ నుండి ఆరోగ్యకరమైన మానవుల మైక్రోబయోటా నుండి ఉద్భవించిన క్రమాలతో mBLAST ప్రభావం ప్రదర్శించబడింది. mBLAST అనేది షార్ట్-రీడ్ సీక్వెన్స్‌లను కలిగి ఉన్న మరియు అధిక-నిర్గమాంశ విశ్లేషణను కలిగి ఉన్న ఏదైనా అధ్యయనం కోసం BLAST కోసం ప్లగ్-ఇన్ రీప్లేస్‌మెంట్‌గా రూపొందించబడింది. mBLAST సాఫ్ట్‌వేర్ www.multicorewareinc.comలో విద్యా వినియోగదారులకు ఉచితంగా అందుబాటులో ఉంటుంది.