జర్నల్ ఆఫ్ డేటా మైనింగ్ ఇన్ జెనోమిక్స్ & ప్రోటీమిక్స్

నైరూప్య

16S లోపల హోస్ట్-నిర్దిష్ట జెనెటిక్ మార్కర్ల గుర్తింపు

జెన్యు షెన్, నింగ్ జాంగ్, అజ్లిన్ ముస్తఫా, మెంగ్షి లిన్, డాంగ్ జు, డైయోంగ్ డెంగ్, మేరీ రీడ్ మరియు గుయోలు జెంగ్

మైక్రోబియల్ సోర్స్ ట్రాకింగ్ (MST) కోసం ఇటీవల రిబోసోమల్ ఇంటర్వెన్నింగ్ సీక్వెన్స్‌లు (IVSలు) జన్యు గుర్తులుగా ప్రతిపాదించబడ్డాయి. ఈ అధ్యయనం బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ మరియు నెక్స్ట్ జనరేషన్ సీక్వెన్సింగ్ (NGS) విధానాలను ఉపయోగించి 73 జాతుల ఆధిపత్య మల బాక్టీరియా యొక్క 16S rDNAలోని IVSల హోస్ట్ ప్రత్యేకతలను సమగ్రంగా పరిశోధించింది. సిలికోలో పదమూడు రకాల IVSలు నిర్దిష్ట హోస్ట్ జాతులతో సంబంధం కలిగి ఉన్నట్లు గుర్తించబడ్డాయి; అవి అనెరోవిబ్రియో, బాక్టీరాయిడ్స్, ఫెకాలిబాక్టీరియం, మిత్సుకెల్లా, పెప్టోస్ట్రెప్టోకోకస్, ఫాస్కోలార్క్టోబాక్టీరియం మరియు సబ్‌డోలిగ్రాన్యులమ్ జాతుల బ్యాక్టీరియాలో కనుగొనబడ్డాయి. పదమూడు రకాల IVSల DNA సీక్వెన్స్‌ల ఆధారంగా, పాలిమరేస్ చైన్ రియాక్షన్ (PCR) పరీక్షలు అభివృద్ధి చేయబడ్డాయి. టార్గెట్ మరియు నాన్-టార్గెట్ హోస్ట్ జాతుల మల DNA నమూనాలను ఉపయోగించి PCR విస్తరణలు 13 IVSలలో ఎనిమిది మానవులు, కోడి/టర్కీ, గొడ్డు మాంసం పశువులు/పంది లేదా గుర్రం/పంది/మానవ మలంతో ఎక్కువగా సంబంధం కలిగి ఉన్నాయని నిరూపించాయి. IVS పాలిమార్ఫిజమ్‌ల ఆధారంగా, బహుళ హోస్ట్ జాతులతో అనుసంధానించబడిన వాటి నుండి సింగిల్-హోస్ట్-అనుబంధ IVSల కోసం శోధించడానికి NGS వర్తించబడింది. పర్యవసానంగా, పశువులు మరియు పశువులేతర మల నమూనాలను ఉపయోగించి PCR విస్తరణ ద్వారా గొడ్డు మాంసం పశువులకు సంబంధించిన కొత్త రకం IVS కనుగొనబడింది మరియు నిర్ధారించబడింది. కొన్ని IVSలను MST కోసం జన్యు మార్కర్‌లుగా ఉపయోగించవచ్చని మరియు నవల హోస్ట్-నిర్దిష్ట జన్యు గుర్తులను గుర్తించడంలో NGS ఉపయోగపడుతుందని ఫలితాలు సూచిస్తున్నాయి.