జర్నల్ ఆఫ్ ఫార్మకోజెనోమిక్స్ & ఫార్మాకోప్రొటోమిక్స్

నైరూప్య

సింగిల్-మాలిక్యూల్ రియల్-టైమ్ సీక్వెన్సింగ్ మయోటోనిక్ డిస్ట్రోఫీ టైప్ 1లో రోగ నిరూపణ మరియు జన్యు సలహాలను ఎలా మెరుగుపరుస్తుంది

స్టెఫానీ టోమ్

మయోటోనిక్ డిస్ట్రోఫీ టైప్ 1 (DM1) అనేది అస్థిర CTG రిపీట్ యొక్క విస్తరణ ఫలితంగా సాధారణంగా తరతరాలుగా మరియు కాలక్రమేణా సోమాటిక్ కణజాలాలలో పెరుగుతుంది. CTG పునరావృత అస్థిరత మరియు DM1 క్లినికల్ వ్యక్తీకరణలు పునరావృతం యొక్క పొడవు మరియు పునరావృత క్రమం యొక్క స్వచ్ఛతపై ఆధారపడి ఉంటాయి. CTG విస్తరణ యొక్క పరిమాణం మరియు స్వచ్ఛతను నిర్ణయించడంలో అత్యంత వేరియబుల్ క్లినికల్ ప్రెజెంటేషన్ మరియు సాంకేతిక సమస్యల కారణంగా DM1లో జన్యుపరమైన సలహాలు చాలా క్లిష్టంగా ఉంటాయి. పెద్ద CTG రిపీట్ పరిమాణాన్ని ఖచ్చితంగా కొలవడానికి మరియు DM1 రోగులలో క్లినికల్ మరియు జెనెటిక్ వేరియబిలిటీని అర్థం చేసుకోవడానికి విస్తరించిన యుగ్మ వికల్పం యొక్క సీక్వెన్స్ అంతరాయాలను గుర్తించడానికి మేము PacBio సింగిల్-మాలిక్యూల్ రియల్-టైమ్ సీక్వెన్సింగ్ (SMRT)ని ఉపయోగించాము. మేము శుద్ధి చేయబడిన యాంప్లికాన్‌ల నుండి సీక్వెల్ I మరియు II సిస్టమ్‌లలో 130 నుండి > 1000 CTG రిపీట్‌ల వరకు CTG రిపీట్ విస్తరణలతో అనేక మంది DM1 రోగులను క్రమం చేసాము. మేము ఒక నమూనాకు 77% కంటే ఎక్కువ పూర్తి DM1 రీడ్‌లను పొందాము, విస్తరించిన యుగ్మ వికల్పాల నుండి > 70% రీడ్‌లను పొందాము. 1000 కంటే ఎక్కువ CTG రిపీట్‌లు (టేబుల్ 1 మరియు రెఫ్1) ఉన్న DM1 రోగులతో సహా అన్ని నమూనాల కోసం ఆశించిన పరిమాణ పరిధిలో డేటా దీర్ఘ రీడ్‌లను కలిగి ఉంటుంది. SMRT సీక్వెన్సింగ్ పెద్ద ట్రిపుల్ రిపీట్ విస్తరణలను క్రమం చేయడానికి, CTG పునరావృత అంతరాయాలను గుర్తించడానికి మరియు DM1 రోగులలో సోమాటిక్ మొజాయిసిజంను అంచనా వేయడానికి చాలా ఆశాజనకంగా ఉంది. ఈ పద్ధతి రోగులకు అందించే రోగ నిరూపణ మరియు కౌన్సెలింగ్‌ను గణనీయంగా మెరుగుపరుస్తుంది.