జర్నల్ ఆఫ్ డేటా మైనింగ్ ఇన్ జెనోమిక్స్ & ప్రోటీమిక్స్

నైరూప్య

లెగ్యుమినోసే కుటుంబంలో సంరక్షించబడిన rbcL అమైనో యాసిడ్ సీక్వెన్సెస్ యొక్క హోమోలజీ మోడలింగ్

సాగర్ ఎస్ పటేల్, మేఘ బి వైద్య మరియు దీప్తి బి షా

ఈ అధ్యయనం భారతదేశంలోని గుజరాత్ రాష్ట్రంలో కనిపించే కొన్ని లెగ్యుమినోసే కుటుంబ జాతుల హోమోలజీ మోడలింగ్‌పై దృష్టి సారించింది. లెగ్యుమినోసే కుటుంబానికి చెందిన మూడు ఉప కుటుంబాలు ఉన్నాయి, అవి ఫాబేసి (పాపిలియోనేసి), సీసల్పినియేసి మరియు మిమోసేసి. ప్రతి ఉపకుటుంబంలో కొన్ని జాతుల rbcL ప్రోటీన్ సీక్వెన్స్‌ల నుండి బహుళ శ్రేణి సమలేఖనం నిర్వహించబడుతుంది మరియు హోమోలజీ మోడలింగ్ కోసం పరిగణించబడే సంరక్షించబడిన అమైనో ఆమ్లం. పరిణామాత్మకంగా సంబంధిత ప్రోటీన్లు ఒకే విధమైన క్రమాలను కలిగి ఉంటాయి మరియు సహజంగా సంభవించే హోమోలాగస్ ప్రోటీన్లు ఒకే విధమైన ప్రోటీన్ నిర్మాణాన్ని కలిగి ఉంటాయి. సీక్వెన్స్ కన్సర్వేషన్ ఆధారంగా మాత్రమే ఊహించిన దానికంటే త్రిమితీయ ప్రోటీన్ నిర్మాణం పరిణామాత్మకంగా మరింత సంరక్షించబడిందని చూపబడింది; ప్రతి ఉప-కుటుంబంలో ఒకే బేస్ జతలతో సాధారణమైన కొన్ని అమైనో ఆమ్లాలు ఉన్నాయని మేము కనుగొన్నాము, అవి వేర్వేరు జాతికి చెందినవి అయినప్పటికీ. మా అధ్యయనం యొక్క PDB డేటాబేస్‌లో సంరక్షించబడిన అమైనో ఆమ్లాల యొక్క ప్రోటీన్ నిర్మాణం అందుబాటులో లేదు కాబట్టి మేము మూడు rbcL ప్రోటీన్ సీక్వెన్స్‌ల (ప్రతి ఉప కుటుంబం నుండి ఒకటి) హోమోలజీ మోడలింగ్ చేసాము, ఇవి రామచంద్రన్ ప్లాట్‌తో బహుళ శ్రేణి అమరిక మరియు నిర్మాణ ధ్రువీకరణలో సంరక్షించబడినట్లు కనుగొనబడ్డాయి. మరియు CASTp సర్వర్ ఊహించిన ప్రోటీన్ నిర్మాణంలో క్రియాశీల సైట్‌లను కనుగొనడానికి ఉపయోగించబడింది మరియు దీని తర్వాత నివేదించబడిన ప్రతి అంచనా ప్రోటీన్ యొక్క పనితీరు లెగ్యుమినోసే కుటుంబంలో కొన్ని సంరక్షించబడిన rbcL అమైనో ఆమ్ల శ్రేణుల హోమోలజీ మోడలింగ్.