బాక్టీరియాలజీ & పారాసిటాలజీ జర్నల్

నైరూప్య

పాకిస్థానీ జనాభాలో టైప్ స్పెసిఫిక్ ప్రైమర్ పెయిర్స్ ఉపయోగించి మల్టీప్లెక్స్ PCR ద్వారా HBV జెనోటైపింగ్ మరియు ఫైలోజెనెటిక్ అనాలిసిస్

జావేద్ ఇక్బాల్, అబిదా రజా మరియు జబర్ జమాన్ ఖాన్ ఖట్టక్

నేపథ్యం: హెపటైటిస్ బి వైరస్ తీవ్రమైన మరియు దీర్ఘకాలిక హెపాటోసెల్యులార్ కార్సినోమాకు కారణమవుతుంది, ఇది ప్రపంచవ్యాప్తంగా 350 మిలియన్ల కంటే ఎక్కువ మంది ప్రజలను ప్రభావితం చేసే తీవ్రమైన ఆరోగ్య సమస్య. భౌగోళికంగా, HBV యొక్క తొమ్మిది జన్యురూపాలు ఇప్పటివరకు గుర్తించబడ్డాయి. (ORF P, S, F మరియు X) అనే నాలుగు ఓపెన్ రీడింగ్ ఫ్రేమ్‌లు హెపాటోసైట్ కణాలను ప్రత్యేకంగా లక్ష్యంగా చేసుకునేలా దీన్ని అందిస్తాయి. అదనంగా, HBV యొక్క జీవిత చక్రంలో ఉన్న రివర్స్ ట్రాన్స్క్రిప్షన్ ప్రక్రియ అడెనోవైరస్తో పోలిస్తే నాలుగు ఆర్డర్ అధిక మ్యుటేషన్ రేట్లకు కారణమైంది. HBV జన్యురూపాల మధ్య నిర్మాణాత్మక మరియు క్రియాత్మక వ్యత్యాసాలు వైరస్‌కు వ్యతిరేకంగా తీవ్రత, సమస్యలు, చికిత్స మరియు బహుశా టీకాలు వేయడానికి ప్రధానమైనవి. హెపటైటిస్ B జన్యురూపం దాని వైద్యపరమైన చిక్కులు మరియు భౌగోళిక పంపిణీని అంచనా వేయడానికి ముఖ్యమైనది, అయితే హెపాటోకార్సినోజెనిసిస్ మరియు వైద్య చికిత్సలకు సంబంధించిన నిర్దిష్ట జన్యుపరమైన గుర్తులను నిర్ణయించడానికి ఉప-జన్యురూపాలు ఉపయోగకరంగా ఉన్నట్లు కనుగొనబడింది. పాకిస్తాన్‌లో, HBV యొక్క పరమాణు పరిణామ విశ్లేషణపై నివేదించబడిన డేటా అందుబాటులో లేదు. అందువల్ల, ఇక్కడ ప్రబలంగా ఉన్న ఆధిపత్య జాతుల స్పెక్ట్రాను అంచనా వేయడానికి ఒక అధ్యయనం చాలా అవసరం.

లక్ష్యాలు: ఈ అధ్యయనం పాకిస్తాన్‌లోని జనాభాలో HBV జన్యురూపాల ప్రాబల్యాన్ని గుర్తించడానికి ఉద్దేశించబడింది. ఈ పరిశోధనలో, మేము HBV యొక్క కొత్త జాతులు మరియు ఉప జన్యురూపాలను కనుగొనడంపై దృష్టి సారించాము. పాకిస్తాన్ HBV స్థానిక దేశాలలో ఒకటి, అయితే సబ్జెనోటైప్‌లు మరియు వాటి రీకాంబినేషన్ లేదా దేశంలో స్థానిక వైరస్ యొక్క ఫైలోజెనెటిక్ సంబంధంపై డేటా లేదు. ప్రస్తుత అధ్యయనం ఈ కోణంలో జరిగింది. ఈ అధ్యయనం భవిష్యత్ పరిశోధకులకు పాకిస్తాన్‌లోని HBV సంబంధిత జాతులకు సంబంధించిన కొన్ని ఇతర అంశాలను మరియు దాని వైద్య చికిత్సల గురించి కూడా అధ్యయనం చేయడానికి సహాయపడుతుంది.

అధ్యయనం యొక్క స్థలం మరియు వ్యవధి: ప్రస్తుత అధ్యయనం ఇస్లామాబాద్‌లోని పాలిమరేస్ చైన్ రియాక్షన్ (PCR) ల్యాబ్, న్యూక్లియర్ మెడిసిన్, ఆంకాలజీ మరియు రేడియోథెరపీ ఇన్‌స్టిట్యూట్ [NORI]లో నిర్వహించబడింది మరియు నమూనాలను సెప్టెంబర్ 2012 నుండి ఫిబ్రవరి 2014 మధ్య సేకరించారు.

అధ్యయన రూపకల్పన: సెప్టెంబర్ 2012 నుండి ఫిబ్రవరి 2014 వరకు మొదటి దశలో మొత్తం 450 హెపటైటిస్ B ఉపరితల యాంటిజెన్ HBsAg మరియు HBV DNA సానుకూల నమూనాలను సేకరించి తదుపరి విశ్లేషణ కోసం న్యూక్లియర్ మెడిసిన్ ఆంకాలజీ మరియు రేడియోథెరపీ ఇన్‌స్టిట్యూట్ [NORI]కి పంపారు. A నుండి H వరకు 8 HBV జన్యురూపాల కోసం అన్ని నమూనాలు టైప్ స్పెసిఫిక్ నెస్టెడ్ PCR ప్రైమర్ పెయిర్ పద్ధతి ద్వారా జన్యురూపం చేయబడ్డాయి. రోగులు వారి వయస్సు మరియు లింగంతో సంబంధం లేకుండా యాదృచ్ఛికంగా ఎంపిక చేయబడ్డారు మరియు వ్రాతపూర్వక సమ్మతి (18 సంవత్సరాల కంటే తక్కువ వయస్సు ఉన్నట్లయితే తల్లిదండ్రుల సమ్మతి) లభించింది. ఈ అధ్యయనాన్ని నైతిక సమీక్ష కమిటీ ఆమోదించింది. మా పరిశోధనలో, మేము పాకిస్తానీ జనాభాలో ఆధిపత్య జాతిని కనుగొనడానికి టైప్ స్పెసిఫిక్ ప్రైమర్ టెక్నిక్‌ని ఉపయోగించాము మరియు NCBI డేటాబేస్‌ల నుండి తిరిగి పొందిన రిఫరెన్స్ సీక్వెన్స్‌లతో దాని ఫైలోజెనెటిక్ విశ్లేషణ.

ఫలితాలు: మా ఫలితాలు వైరల్ లోడ్ మరియు గుర్తించబడిన జన్యురూపాల మధ్య ప్రత్యక్ష సంబంధాన్ని చూపించాయి మరియు పాకిస్తానీ జనాభాలోని అన్ని జన్యురూపాలలో జన్యురూపం D అత్యంత ముందున్న జన్యురూపం మరియు అధిక నిష్పత్తిలో ప్రబలంగా ఉందని గుర్తించింది. జన్యురూపం A యొక్క HBV జన్యురూప ఇన్‌ఫెక్షన్‌లను B & C, Dతో B మరియు Cతో కలిపి అన్ని నమూనాలలో 17 శాతం ఉంటాయి. పూర్తి న్యూక్లియోటైడ్ సీక్వెన్స్‌లలోని వ్యత్యాసాల ఆధారంగా వివిధ HBV జాతుల ఉపజాతి రకాలు గుర్తించబడ్డాయి. ధృవీకరణ కోసం సానుకూల PCR ఫలితాలు రెండుసార్లు పునరావృతమయ్యాయి. ఇంకా, ఫైలోజెనెటిక్ విశ్లేషణ మా నివేదించిన సీక్వెన్సులు మరియు రిఫరెన్స్ సీక్వెన్స్‌ల మధ్య హోమోలజీని వెల్లడించింది. ఫైలోజెనెటిక్ పద్ధతి భౌగోళిక ప్రాంతాలలో జన్యురూపాలు/ఉప-జన్యురూపాలు మారుతూ ఉంటాయి మరియు జాతితో బలంగా పరస్పర సంబంధం కలిగి ఉన్నాయని చూపింది.

తీర్మానం: జన్యురూపం D గుర్తించబడింది మరియు మా అధ్యయనంలో D1 & D3 యొక్క ఉప-జన్యురూపాలను చూపించే పాకిస్తానీ సమాజంలో అత్యంత ఆధిపత్య జన్యురూపంగా గుర్తించబడింది. జన్యురూపం A మరియు D ఒకదానికొకటి కో-ఇన్‌ఫెక్షన్‌గా ఉంటాయి మరియు రెండవ ప్రబలమైన జన్యురూప సమూహంగా దోహదపడ్డాయి. అదనంగా, ఫైలోజెనెటిక్ విశ్లేషణ భౌగోళిక ప్రాంతాలలో జన్యురూపాలు మారుతూ ఉంటాయి మరియు NCBI నుండి రిఫరెన్స్ సీక్వెన్స్‌లతో బలంగా పరస్పర సంబంధం కలిగి ఉన్నాయని వెల్లడించింది.