బయోకెమిస్ట్రీ & అనలిటికల్ బయోకెమిస్ట్రీ

నైరూప్య

బాక్టీరియా సాలినిబాక్టర్ రూబర్, క్రోమోహాలోబాక్టర్ సలెక్సిజెన్స్ మరియు రైజోబియం ఎట్లీలో కోడాన్ యూసేజ్ బయాస్ మరియు కోడాన్ కాంటెక్స్ట్ ప్యాటర్న్ యొక్క జీనోమ్-వైడ్ రిలేటివ్ అనాలిసిస్

మహ్మద్ సమీర్ ఫరూఖీ, DC మిశ్రా, నియతి రాయ్, DP సింగ్, అనిల్ రాయ్, KK చతుర్వేది, రత్న ప్రభ మరియు మంజీత్ కౌర్

కోడాన్ అనేది ఒక జీవిలో ప్రోటీన్ల సంశ్లేషణ సమయంలో జీవసంబంధ సందేశ ప్రసారానికి ప్రాథమిక యూనిట్. కోడాన్ వినియోగ పక్షపాతం అనేది జీవులలో, పర్యాయపద కోడన్‌లలో ప్రాధాన్యత వినియోగం. పర్యాయపద కోడాన్ యొక్క ఈ ప్రాధాన్యత ఉపయోగం జాతుల మధ్య మాత్రమే కాకుండా ఒక జాతికి చెందిన అదే జన్యువులోని జన్యువుల మధ్య కూడా కనిపిస్తుంది. కోడాన్ వినియోగ నమూనాల యొక్క ఈ వైవిధ్యం మ్యుటేషన్, డ్రిఫ్ట్ మరియు పీడనం వంటి సహజ ప్రక్రియల ద్వారా నియంత్రించబడుతుంది. ఈ అధ్యయనంలో, మేము కోడాన్ యూసేజ్ బయాస్ మరియు సాలినిబాక్టర్ రబ్బర్ (ఎక్స్‌ట్రీమ్ హలోఫిలిక్), క్రోమోహలోబాక్టర్ సేలెక్సిజెన్స్ (మోడరేట్ హలోఫిలిక్) మరియు రైజోబియం ఎట్లీ (నాన్‌హలోఫిలిక్) యొక్క కోడాన్ సందర్భ నమూనాను కనుగొనడానికి గణన మరియు గణాంక పద్ధతులను ఉపయోగించాము. దీనికి అదనంగా, అనువదించబడిన అమినో యాసిడ్ ఫ్రీక్వెన్సీలో కూర్పు వైవిధ్యం, కోడన్‌ల ప్రభావవంతమైన సంఖ్య మరియు సరైన కోడన్‌లు కూడా అధ్యయనం చేయబడ్డాయి. కోడాన్ బయాస్ యొక్క ఈ వ్యత్యాసాలకు మ్యుటేషన్ బయాస్ మరియు ట్రాన్స్‌లేషన్ ఎంపిక రెండూ దోహదం చేస్తాయని ENc వర్సెస్ GC3ల ప్లాట్లు సూచిస్తున్నాయి. అయినప్పటికీ, మ్యుటేషన్ బయాస్ అనేది హలోఫిలిక్ బ్యాక్టీరియా (సాలినిబాక్టర్ రూబర్ మరియు క్రోమోహలోబాక్టర్ సలేక్సిజెన్స్)లో పర్యాయపద కోడాన్ వినియోగ నమూనాల చోదక శక్తి మరియు అనువాద ఎంపిక నాన్-హలోఫిలిక్ బ్యాక్టీరియా (రైజోబియం ఎట్లీ)లో కోడాన్ వినియోగ నమూనాను ప్రభావితం చేస్తుంది. సాపేక్ష పర్యాయపద కోడాన్ వాడకం యొక్క కరస్పాండెన్స్ విశ్లేషణ అధ్యయనంలో ఉన్న బ్యాక్టీరియాలో సంఖ్యలలో విభిన్నమైన జన్యువుల సమూహాలను వెల్లడించింది. అంతేకాకుండా, ఈ బ్యాక్టీరియాలో కోడాన్ సందర్భ నమూనా కూడా వేరియబుల్‌గా కనిపించింది. ఈ ఫలితాలు ఈ బ్యాక్టీరియా జన్యువులలో కోడాన్ వినియోగ నమూనాలో వైవిధ్యాన్ని స్పష్టంగా సూచిస్తాయి.