జర్నల్ ఆఫ్ డేటా మైనింగ్ ఇన్ జెనోమిక్స్ & ప్రోటీమిక్స్

నైరూప్య

RAW264 కణాలలో తీవ్రమైన ఇన్ఫ్లమేటరీ మరియు యాంటీ ఇన్ఫ్లమేటరీ రెస్పాన్స్‌ల జీనోమ్-వైడ్ విశ్లేషణ అనువాద నియంత్రణతో అనుబంధించబడిన సిస్-ఎలిమెంట్‌లను సూచిస్తుంది

హిరోకి సాకో మరియు కట్సుహికో సుజుకి

తాపజనక ప్రతిస్పందనలను మధ్యవర్తిత్వం చేయడంలో అనువాద నియంత్రణ కీలక పాత్ర పోషిస్తుంది. డెక్సామెథాసోన్ (DEX)చే ఈ అధ్యయనంలో ప్రాతినిధ్యం వహించిన గ్లూకోకార్టికాయిడ్లు విస్తృతంగా గుర్తించబడిన యాంటీ ఇన్ఫ్లమేటరీ ఏజెంట్లు, ఇవి ఇన్ఫ్లమేటరీ జన్యువులతో సహా విభిన్న జన్యు సమూహాల అనువాదంపై గణనీయమైన నిరోధక ప్రభావాలను చూపుతాయి. అయినప్పటికీ, వారి నియంత్రణ అత్యంత సంక్లిష్టమైనది మరియు వైవిధ్యమైనది, ఇందులో లిప్యంతరీకరణ మరియు అనువాద నియంత్రణ ఉంటుంది. జీనోమ్-వైడ్ ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ విశ్లేషణల ద్వారా ట్రాన్స్‌క్రిప్షనల్ రెగ్యులేషన్ పరిశోధించబడినప్పటికీ, అనువాద నియంత్రణ కొన్ని నిర్దిష్ట జన్యు లక్ష్యాల ద్వారా మాత్రమే అధ్యయనం చేయబడింది (ఉదా., ట్యూమర్ నెక్రోసిస్ ఫ్యాక్టర్) మరియు అనువాద స్థాయిలపై గ్లూకోకార్టికాయిడ్‌ల యొక్క ప్రపంచ ప్రభావం చాలా తక్కువగా అధ్యయనం చేయబడింది, ప్రధానంగా దాని కారణంగా సాంకేతిక కష్టం. ఇక్కడ, రైబోజోమ్ ప్రొఫైలింగ్‌తో పాటు హై-త్రూపుట్ mRNA సీక్వెన్సింగ్ (mRNA-Seq)ని ఉపయోగించి, రైబోజోమ్‌లను అనువదించే పాదముద్రలను సంగ్రహించవచ్చు, మేము RAW264 కణాల ద్వారా ప్రేరేపించబడిన RAW264 కణాల యొక్క తీవ్రమైన ఇన్‌ఫ్లమేటరీ లేదా యాంటీ ఇన్‌ఫ్లమేటరీ ప్రతిస్పందనల జన్యువ్యాప్తంగా ట్రాన్స్‌క్రిప్షనల్ మరియు అనువాద విశ్లేషణను నిర్వహించాము. (LPS) లేదా LPSతో పాటు DEX (LPS + DEX). LPS మాత్రమే మరియు LPS + DEX ల మధ్య ఉన్న అవకలన నియంత్రణలో ఎక్కువ భాగం ట్రాన్స్‌క్రిప్షన్ స్థాయిల కంటే అనువాద స్థాయిల ద్వారా ఎక్కువగా ఉందని మేము చూపించాము. అప్-అండ్-డౌన్-రెగ్యులేటెడ్ జీన్ క్లస్టర్‌లపై తదుపరి విశ్లేషణ LPS + DEX ద్వారా ప్రేరేపించబడిన అప్- లేదా డౌన్-రెగ్యులేటెడ్ జన్యువుల యొక్క 3'-UTRలో ప్రత్యేకంగా సమృద్ధిగా ఉన్న పుటేటివ్ సిస్ రెగ్యులేటరీ ఎలిమెంట్‌లను వెల్లడించింది. ఫలితాలు RAW264 కణాల యొక్క తీవ్రమైన తాపజనక ప్రతిస్పందనలో గ్లూకోకార్టికాయిడ్-ప్రేరిత అనువాద నియంత్రణ యొక్క ప్రస్తుతం గుర్తించబడిన విధానాలకు ప్రత్యామ్నాయాన్ని సూచిస్తాయి.