బయోకెమిస్ట్రీ & అనలిటికల్ బయోకెమిస్ట్రీ

నైరూప్య

పొటెన్షియల్ ఇన్హిబిటర్ డిజైన్ కోసం లెజియోనెల్లా న్యుమోఫిలా మర్బి రిడక్టేజ్ యొక్క డాకింగ్ మరియు మాలిక్యులర్ డైనమిక్ సిమ్యులేషన్స్

వాణి ప్రియదర్శిని, దిబ్యబాబా ప్రధాన్, మన్నె మునికుమార్, అమినేని ఉమామహేశ్వరి, డి రాజశేఖర్ మరియు పివిఎల్ఎన్ శ్రీనివాసరావు

లెజియోనెల్లా న్యుమోఫిలా అనేది లెజియోనైర్స్ వ్యాధి, న్యుమోనియా మరియు ప్రాణాంతకమైన ప్రొస్తెటిక్ వాల్వ్ ఎండోకార్డిటిస్‌లకు కారణమైన జీవి. పెప్టిడోగ్లైకాన్ యొక్క జీవసంశ్లేషణకు ముఖ్యమైన ఎంజైమ్‌లలో ఒకటైన మర్బ్ రిడక్టేజ్, సెల్ గోడ యొక్క ఒక భాగం, లెజియోనెల్లా న్యుమోఫిలాతో సహా ఇన్ఫెక్టివ్ ఎండోకార్డిటిస్‌కు కారణమయ్యే బ్యాక్టీరియా వ్యాధికారక క్రిములకు వ్యతిరేకంగా సాధారణ ఔషధ లక్ష్యంగా గుర్తించబడింది. FADతో ఉన్న మర్బ్ రిడక్టేజ్ ఒక కోఫాక్టర్‌గా పనిచేస్తుంది మరియు UDP-N-ఎసిటైలెనోల్పైరువైల్గ్లూకోసమైన్ (UDP-GlcNAcEP)ని UDP-N-ఎసిటైల్మురామిక్ యాసిడ్‌కు NADPH-ఆధారిత తగ్గింపును ఉత్ప్రేరకపరుస్తుంది. ప్రస్తుత అధ్యయనంలో, Maestro v9.2 యొక్క వర్చువల్ స్క్రీనింగ్ వర్క్‌ఫ్లో అమలు చేయబడిన గ్లైడ్ v5.7 యొక్క సీక్వెన్షియల్ ప్రోటోకాల్‌ను ఉపయోగించి FAD యొక్క 360 స్ట్రక్చరల్ అనలాగ్‌లు లెజియోనెల్లా న్యుమోఫిలా యొక్క MurB రిడక్టేజ్‌కు డాక్ చేయబడ్డాయి. డాకింగ్ విశ్లేషణ ద్వారా ఏడు లీడ్‌లలో పొందబడింది, కోఫాక్టర్ FAD (XPGscore -13.25Kcal/mol)తో పోల్చితే లీడ్1 (XPGscore -13.27Kcal/mol) మాత్రమే MurB రిడక్టేజ్ పట్ల మెరుగైన బంధాన్ని కలిగి ఉన్నట్లు గమనించబడింది. MurB రిడక్టేజ్-లీడ్1 డాకింగ్ కాంప్లెక్స్ యొక్క పరమాణు స్థాయి పరస్పర చర్యలు MurB రిడక్టేజ్-FAD కాంప్లెక్స్‌తో మంచి సహసంబంధాన్ని చూపించాయి. ఇంకా, మర్బ్ రిడక్టేజ్ - లీడ్1 డాకింగ్ కాంప్లెక్స్ కోసం మాలిక్యులర్ డైనమిక్ సిమ్యులేషన్‌లు డెస్మండ్ v3.0 ఉపయోగించి వివిధ సమయ ప్రమాణాలపై ద్రావణంలో డాకింగ్ కాంప్లెక్స్ యొక్క సహజ డైనమిక్‌పై వెలుగునిస్తాయి. MurB రిడక్టేజ్ - లీడ్1 కాంప్లెక్స్ యొక్క మాలిక్యులర్ డైనమిక్ అనుకరణలు డాకింగ్ పరస్పర చర్యల యొక్క స్థిరమైన స్వభావాన్ని చూపించాయి.