జర్నల్ ఆఫ్ మైక్రోబియల్ & బయోకెమికల్ టెక్నాలజీ

నైరూప్య

లిస్టెరియా మోనోసైటోజెన్‌ల కోసం కమర్షియల్ సీక్వెన్స్-బేస్డ్ స్ట్రెయిన్ టైపింగ్ సర్వీస్ అభివృద్ధి మరియు మూల్యాంకనం

టామ్ ఎడ్లిండ్ మరియు యాన్హాంగ్ లియు

లిస్టేరియా మోనోసైటోజెన్‌లు ఒక ముఖ్యమైన ఆహారపదార్థ వ్యాధికారక మరియు, దానికి సంబంధించి, అనేక ఆహార ప్రాసెసింగ్ సౌకర్యాలలో నిరంతర కలుషితం. వ్యాప్తిని గుర్తించడానికి మరియు పరిశోధించడానికి స్ట్రెయిన్ టైపింగ్ చాలా కీలకం మరియు కాలుష్యం యొక్క మూలాలను ట్రాక్ చేయడానికి ఉపయోగించవచ్చు. ప్రస్తుత ఉపయోగంలో ఉన్న టైపింగ్ సిస్టమ్‌లు తక్కువ రిజల్యూషన్ మరియు డేటా పోర్టబిలిటీ నుండి అధిక ధర మరియు సాంకేతిక సంక్లిష్టత వరకు పరిమితులను కలిగి ఉన్నాయి. ఈ పరిమితులను పరిష్కరించే L. మోనోసైటోజెన్స్ స్ట్రెయిన్ టైపింగ్ కోసం అవుట్‌సోర్సింగ్ ఎంపికను అభివృద్ధి చేయడం ఈ అధ్యయనం యొక్క లక్ష్యం. 109 జాతులకు ప్రాతినిధ్యం వహించే NCBI జీనోమ్స్ డేటాబేస్ అత్యంత సమాచార, టెన్డం రిపీట్-కలిగిన లోకీ కోసం పరీక్షించబడింది. LmMT1 (0.8-1 kbp) మరియు LmMT2 (0.7-0.8 kbp) అని పిలువబడే అత్యంత ఆశాజనకంగా, పాలిమార్ఫిజం యొక్క సంక్లిష్ట నమూనాలు (చొప్పించడం/తొలగింపులు మరియు సింగిల్ న్యూక్లియోటైడ్ పాలిమార్ఫిజమ్స్), వైవిధ్య సూచీలు 0.99 (LmMT91) మరియు (LmMT91) మరియు (LmMT91) అన్ని ఎల్‌లలో ఉన్నారు. మోనోసైటోజెన్‌లు మరియు ఒకటి (LmMT1) నుండి నాలుగు (LmMT2) వరకు అదనపు లిస్టెరియా జాతులు NCBI డేటాబేస్‌లలో ప్రాతినిధ్యం వహిస్తాయి. విభిన్నమైన జాతులను ఉపయోగించి, మియా మరియు ఇతరులు. (J. మైక్రోబయోల్. మెథడ్స్, 2012, 90:285-291) ఈ రెండు స్థానాల్లోని మరింత పరిమిత ప్రాంతాలకు (0.3-0.5 kbp) గతంలో 0.95 మరియు 0.91 వైవిధ్య సూచీలు నివేదించబడ్డాయి. LmMT1 మరియు LmMT2 సీక్వెన్స్‌ల యొక్క ఫైలోజెనెటిక్ విశ్లేషణ సెరోటైప్ (4b, 1/2a, మరియు 4a కాంప్లెక్స్‌లు) మరియు పరిణామ వంశం (I, II, మరియు III/IV)కి సంబంధించిన విభిన్న సమూహాలను వెల్లడించింది. ప్రస్తుత గోల్డ్ స్టాండర్డ్ అయిన PFGEకి పోలికలు LmMT1 టైపింగ్ వివక్షతో కూడుకున్నదని సూచిస్తున్నాయి. ముఖ్యముగా, నాలుగు వ్యాప్తి నుండి వచ్చే జాతులు సంబంధిత సమూహాలను ఏర్పరుస్తాయి, అయినప్పటికీ 2002 వ్యాప్తి నుండి వచ్చినవి సంబంధిత పర్యావరణ మరియు ఆహారం/మానవ ఐసోలేట్‌లుగా పరిష్కరించబడ్డాయి, అది వారి ఎపిడెమియోలాజికల్ కనెక్షన్‌ను సవాలు చేస్తుంది. ప్రయోగశాలలో, LmMT1 మరియు LmMT2 టైపింగ్ పటిష్టంగా ఉన్నట్లు నిరూపించబడింది, ప్రమాదకరం కాని వేడి-క్రియారహిత సస్పెన్షన్‌లుగా సమర్పించబడిన కాలనీల నుండి అధిక నాణ్యత క్రమాన్ని ఉత్పత్తి చేస్తుంది. 62 విభిన్న జాతుల నుండి LmMT1 సీక్వెన్స్‌ల విశ్లేషణ సింగిల్ న్యూక్లియోటైడ్ పాలిమార్ఫిజం-ఆధారిత టైపింగ్‌తో మొత్తం ఒప్పందాన్ని ప్రదర్శించింది.