జర్నల్ ఆఫ్ డేటా మైనింగ్ ఇన్ జెనోమిక్స్ & ప్రోటీమిక్స్

నైరూప్య

'అస్కారియాసిస్' నుండి మేజర్ హిస్టోకాంపాబిలిటీ కాంప్లెక్స్ బైండింగ్ యాంటిజెనిక్ పెప్టైడ్‌లను గుర్తించడానికి గణన విధానం

మిశ్రా S మరియు గోమాసే VS

అస్కారిస్ లంబ్రికాయిడ్స్ మానవులలో 'అస్కారియాసిస్'కు కారణమవుతాయి మరియు దాని నిర్మూలన ప్రధాన ప్రజా ఆందోళన. ఈ ప్రస్తుత పరిశోధనలో, PSSM (పొజిషన్ స్పెసిఫిక్ స్కోరింగ్ మ్యాట్రిసెస్) మరియు SVM (సపోర్ట్ వెక్టర్ మెషిన్) అల్గారిథమ్‌ల వంటి గణన విధానంతో MHC (మేజర్ హిస్టోకాంపాబిలిటీ కాంప్లెక్స్) క్లాస్ I & II బైండింగ్ పెప్టైడ్‌లను మేము అంచనా వేసాము. సైటోక్రోమ్ బి (మైటోకాండ్రియన్) ప్రోటీన్ యొక్క పెప్టైడ్ బైండర్‌లు అస్కారిస్ లంబ్రికోయిడ్ సీక్వెన్స్ నుండి MHC-I అణువుల వరకు 11mer_H2_Db, 10mer_H2_Db, 9mer_H2_Db, 8mer_H2_Dbగా ఉంటాయని మేము అంచనా వేస్తున్నాము. అలాగే అధ్యయనం పెప్టైడ్ MHC క్లాస్ I బైండింగ్ యొక్క ప్రిడిక్షన్‌ను అనుసంధానిస్తుంది; అమైనో ఆమ్లాల క్రమం మరియు లక్షణాలను ఉపయోగించడం ద్వారా ప్రోటీసోమల్ C టెర్మినల్ క్లీవేజ్ మరియు TAP రవాణా సామర్థ్యం. మేము పొజిషన్ స్పెసిఫిక్ స్కోరింగ్ మ్యాట్రిక్స్‌ని ఉపయోగించి వేర్వేరు యుగ్మ వికల్పాలకు పెప్టైడ్‌లను బంధించడాన్ని కూడా కనుగొన్నాము. యాంటిజెనిక్ MHC బైండింగ్ పెప్టైడ్‌లను కలిగి ఉన్న 357 నాన్‌నేమర్‌లతో అస్కారిస్ లంబ్రికోయిడ్స్ (365 అవశేషాలు పొడవు) నుండి సైటోక్రోమ్ B. PSSM ఆధారిత సర్వర్ పెప్టైడ్ బైండర్‌లను I_Ab.p, I_Ad.p, I_Ag7గా అంచనా వేస్తుంది, ఇవి అస్కారిస్ లంబ్రికోయిడ్స్ నుండి సైటోక్రోమ్ Bలో యాంటీజెనిక్ ఎపిటోప్స్ ప్రాంతంలో కనుగొనబడ్డాయి. ఈ పరిశోధన హేతుబద్ధమైన వ్యాక్సిన్ రూపకల్పనలో ఉపయోగపడుతుంది మరియు యాంటిజెనిక్‌కు వ్యతిరేకంగా రోగనిరోధక వ్యవస్థ యొక్క పాత్రను ఏకకాలంలో అర్థం చేసుకోవచ్చు.