మిరోస్లావ్ J. గిల్స్కి, మరియు రోవ్షన్ G. సడిగోవ్
హ్యూమన్ ప్రోటీమ్ ఆర్గనైజేషన్ (HUPO) ప్రోటీమిక్స్ స్టాండర్డ్ ఇనిషియేటివ్ ముడి డేటా (mzML) మరియు ప్రోటీమిక్స్ ప్రయోగాల (mzIndentML) నుండి స్పెక్ట్రల్ ప్రాసెసింగ్ (ప్రోటీన్ ఐడెంటిఫికేషన్ మరియు క్వాంటిఫికేషన్) ఫలితాలను నిల్వ చేయడానికి ఫైల్ ఫార్మాట్లను అభివృద్ధి చేయడంలో పని చేసింది. సంక్లిష్ట ప్రయోగాలను పూర్తిగా వర్గీకరించడానికి, ప్రత్యేక డేటా రకాలు రూపొందించబడ్డాయి. ప్రామాణిక ఫైల్ ఫార్మాట్లు విక్రేత-నిర్దిష్ట బైనరీ డేటా నిల్వ ఫైల్ల నుండి స్వతంత్రంగా డేటా యొక్క విజువలైజేషన్, ధ్రువీకరణ మరియు వ్యాప్తిని ప్రోత్సహిస్తాయి. ప్రామాణిక ఫైల్ ఫార్మాట్లకు బలమైన మరియు సమర్థవంతమైన డేటా యాక్సెస్ కోసం వినూత్న ప్రోగ్రామాటిక్ సొల్యూషన్లు ప్రోటీమిక్స్ కమ్యూనిటీ ద్వారా ఈ ఫైల్ ఫార్మాట్లను మరింత వేగంగా విస్తృత స్థాయిలో ఆమోదించడానికి దోహదం చేస్తాయి. ఈ పనిలో, మేము mzML ఫైల్ ఫార్మాట్లో స్పెక్ట్రల్ డేటాను యాక్సెస్ చేయడానికి అల్గారిథమ్లను పోల్చాము. XML ఫైల్గా, mzML ఫైల్లు XML-నిర్దిష్ట క్లాస్ రకాలను ఉపయోగిస్తున్నప్పుడు డేటా స్ట్రక్చర్లను సమర్థవంతంగా అన్వయించడానికి అనుమతిస్తాయి. ఈ తరగతులు ఫైల్లకు సీక్వెన్షియల్ యాక్సెస్ను మాత్రమే అందిస్తాయి. అయినప్పటికీ, ప్రోటీమిక్స్ డేటాసెట్లను ప్రాసెస్ చేయడానికి అనేక అల్గారిథమిక్ అప్లికేషన్లలో స్పెక్ట్రల్ డేటాకు యాదృచ్ఛిక యాక్సెస్ అవసరం. ఇక్కడ, మేము సీక్వెన్షియల్ యాక్సెస్ను యాదృచ్ఛిక యాక్సెస్గా మార్చడానికి మెమరీ స్ట్రీమ్ల అమలును ప్రదర్శిస్తాము. మా అప్లికేషన్ సొగసైన XML పార్సింగ్ సామర్థ్యాలను భద్రపరుస్తుంది. సీక్వెన్షియల్ మరియు యాదృచ్ఛిక యాక్సెస్ మోడ్లలోని బెంచ్మార్కింగ్ ఫైల్ యాక్సెస్ టైమ్లు తక్కువ సంఖ్యలో స్పెక్ట్రాకు యాదృచ్ఛిక యాక్సెస్ ఎక్కువ సమయం సమర్థవంతంగా పనిచేస్తుందని, పెద్ద సంఖ్యలో స్పెక్ట్రా సీక్వెన్షియల్ యాక్సెస్ను తిరిగి పొందడం మరింత ప్రభావవంతంగా ఉంటుందని చూపిస్తుంది. మేము అకాడెమియా మరియు పరిశ్రమల నుండి ఇతర ఫైల్ యాక్సెస్ పద్ధతులకు పోలికలను కూడా అందిస్తాము.