జర్నల్ ఆఫ్ డేటా మైనింగ్ ఇన్ జెనోమిక్స్ & ప్రోటీమిక్స్

నైరూప్య

19 అరబిడోప్సిస్ థాలియానా ఎకోటైప్స్‌లో ADP-రైబోస్-1′′-మోనోఫాస్ఫేటేస్ యొక్క కంపారిటివ్ జెనోమిక్ అనాలిసిస్

హుయిఫాంగ్ జియాంగ్, హైచావో వీ, చున్యున్ జియాంగ్, వీ సన్, వెన్ డాంగ్, నిని చెన్, హుయ్ జాంగ్, యాన్క్సియు జావో మరియు జెంగ్లాన్ వాంగ్

A1pp లేదా MACRO డొమైన్‌ను కలిగి ఉన్న ADP-ribose-1′′-monophosphatase అనేది కణాలలో ముఖ్యమైన ప్రాసెసింగ్ ఎంజైమ్, t-RNA విధానాలను విభజించడంలో మరియు ADP-ribose-1′′- మోనోఫాస్ఫేట్‌ను ADP-రైబోస్‌గా ఉత్ప్రేరకపరచడంలో పాల్గొంటుంది. మేము అరబిడోప్సిస్ థాలియానాలో AT1G69340 మరియు AT2G40600 అనే రెండు జన్యువులను గుర్తించాము మరియు అమైనో ఆమ్లంలో చాలా తేడాలు ఉన్నప్పటికీ, సంరక్షించబడిన ప్రాంతం యొక్క ప్రాదేశిక నిర్మాణం ఒకేలా ఉందని కనుగొన్నాము. మేము 19 ఎకోటైప్‌ల మొత్తం జీనోమ్ నుండి డేటాను ఉపయోగించి ప్రమోటర్, కోడింగ్ ప్రాంతం మరియు అనువదించని ప్రాంతం యొక్క సీక్వెన్స్‌లోని వ్యత్యాసాన్ని కూడా విశ్లేషించాము మరియు Col-0లోని వివిధ కణజాలాలలో మరియు AtGenExpress డేటాబేస్ మరియు ఆధారిత 19 ఎకోటైప్‌లలోని మొలకలలో రెండు జన్యువుల వ్యక్తీకరణను పోల్చాము. వరుసగా RNA-seq డేటా. ఒకే జన్యువు కొన్ని ఎకోటైప్‌లలో వేర్వేరు వ్యక్తీకరణ నమూనాలను కలిగి ఉందని మేము కనుగొన్నాము మరియు Col-0 డేటా ప్రకారం పుష్ప అవయవాలు మరియు విత్తనాలు మినహా రెండు జన్యువులు ఒకే విధమైన వ్యక్తీకరణ నమూనాలను కలిగి ఉన్నాయి. ట్రాన్స్‌క్రిప్షన్ కారకాలు మరియు ట్రాన్స్‌క్రిప్షన్ ఫ్యాక్టర్ బైండింగ్ సైట్‌ల వైవిధ్యాల కోసం ఈ ఎకోటైప్‌లలో ఈ జన్యువుల వ్యక్తీకరణల నియంత్రణ విధానాలు మారాయని ఈ ఫలితాలు సూచించాయి. అన్నింటికంటే మించి, మా పరిశోధన జన్యు పనితీరు మరియు జన్యువుల పనితీరును అధ్యయనం చేయడానికి ఉపయోగించే ఎకోటైప్ అభ్యర్థుల వివరణ కోసం కొంత సమాచారాన్ని అందిస్తుంది.