జర్నల్ ఆఫ్ డేటా మైనింగ్ ఇన్ జెనోమిక్స్ & ప్రోటీమిక్స్

నైరూప్య

సకశేరుక ప్యాంక్రియాటిక్ లిపేస్ మరియు సంబంధిత ప్రోటీన్లు మరియు జన్యువుల బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ మరియు పరిణామం

రోజర్ ఎస్ హోమ్స్ మరియు లారా ఎ కాక్స్

నేపధ్యం: ప్యాంక్రియాటిక్ లిపేస్ (PTL) ప్యాంక్రియాస్ నుండి స్రావాన్ని అనుసరించి చిన్న ప్రేగులలోని ఎమల్సిఫైడ్ కొవ్వుల జలవిశ్లేషణలో కొలిపేస్ సమక్షంలో పనిచేస్తుంది. ప్యాంక్రియాటిక్ లైపేస్ సంబంధిత ప్రోటీన్ 1 (PLR1) కూడా ప్యాంక్రియాటిక్ స్రావాలలో కనుగొనబడుతుంది మరియు లిపోలిసిస్‌లో నియంత్రణ పాత్రను నిర్వహించవచ్చు; PLR2 ప్యాంక్రియాటిక్ ట్రైగ్లిజరైడ్ మరియు గెలాక్టోలిపేస్ ప్రతిచర్యలను ఉత్ప్రేరకపరుస్తుంది, అయితే PLR3 సంబంధిత కానీ తెలియని లైపేస్ ఫంక్షన్‌ను అందిస్తుంది. తులనాత్మక PTL, PLR1, PLR2 మరియు PLR3 అమైనో ఆమ్ల శ్రేణులు మరియు నిర్మాణాలు మరియు జన్యు స్థానాలు మరియు శ్రేణులు అనేక సకశేరుక జన్యు ప్రాజెక్టుల నుండి డేటాను ఉపయోగించి పరిశీలించబడ్డాయి.

పద్ధతులు: మానవ మరియు పంది PTLపై మునుపటి నివేదికల ఆధారంగా సీక్వెన్స్ అమరికలు మరియు సంరక్షించబడిన అంచనా వేసిన ద్వితీయ మరియు తృతీయ నిర్మాణాలు అధ్యయనం చేయబడ్డాయి మరియు కీలకమైన అమైనో ఆమ్ల అవశేషాలు మరియు డొమైన్‌లు గుర్తించబడ్డాయి. UC శాంటా క్రజ్ జీనోమ్ బ్రౌజర్‌ని ఉపయోగించి సకశేరుక PTL-వంటి జన్యువుల తులనాత్మక విశ్లేషణలు నిర్వహించబడ్డాయి. ఫైలోజెని అధ్యయనాలు ఈ సకశేరుక PTL-వంటి జన్యువుల పరిణామాన్ని పరిశోధించాయి.

డేటా: హ్యూమన్ మరియు మౌస్ PTL సీక్వెన్సులు 78% గుర్తింపులను పంచుకున్నాయి కానీ మానవ మరియు మౌస్ PLR1 మరియు PLR2 సీక్వెన్స్‌లతో 64-68% గుర్తింపులు మాత్రమే ఉన్నాయి. ఎన్-సిగ్నల్ పెప్టైడ్‌తో సహా బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ ఉపయోగించి అనేక సకశేరుక PTL మరియు PTL-వంటి ప్రోటీన్ డొమైన్‌లు అంచనా వేయబడ్డాయి; N-గ్లైకోసైలేషన్ సైట్(లు); ఉత్ప్రేరక త్రయాన్ని కలిగి ఉన్న α/β హైడ్రోలేస్ మడత ప్రాంతం; క్రియాశీల సైట్ కోసం ఒక 'మూత' ప్రాంతం; లిపేస్ మరియు PLAT ప్రాంతాలను వేరు చేసే 'కీలు'; మరియు C-టెర్మినల్ PLAT ప్రాంతం. యుథేరియన్ క్షీరదాల PLR1 సీక్వెన్సులు ట్రయాసిల్‌గ్లిసరాల్ లైపేస్ కార్యకలాపాల నష్టానికి కారణమైన అవశేషాలను (196Val/198Ala) నిలుపుకున్నాయి, అయితే తక్కువ సకశేరుక PLR1 సీక్వెన్సులు 'యాక్టివ్' లైపేస్ అవశేషాలను నిలుపుకున్నాయి. దీనికి విరుద్ధంగా, క్షీరదాల PTL, PLR2 మరియు PLR3 సీక్వెన్సులు లైపేస్ 'యాక్టివ్' అవశేషాలను ప్రదర్శించాయి (196Ala/198Pro); చికెన్ మరియు కప్ప PLR1 సీక్వెన్సులు లిపేస్ 'యాక్టివ్' అవశేషాలను నిలుపుకున్నాయి; మరియు ఒపోసమ్ మరియు ప్లాటిపస్ PLR1 సీక్వెన్సులు 196Ala/Ser198 మరియు 196Ser/198Pro అవశేషాలను ప్రదర్శించాయి. ఫైలోజెనెటిక్ చెట్టు విశ్లేషణ నాలుగు విభిన్న సకశేరుకాల PTL-వంటి జన్యు కుటుంబాలకు సాక్ష్యాలను అందించింది.

తీర్మానాలు: ప్యాంక్రియాటిక్ లిపేస్ (PTL) మరియు సంబంధిత జన్యువులు మరియు ప్రోటీన్‌లు (PLR1 మరియు PLR2) పరిశీలించిన అన్ని సకశేరుక జన్యువులలో ఉన్నాయి, అయితే PLR3 ప్రైమేట్ జన్యువులలో మాత్రమే కనుగొనబడుతుంది. సకశేరుక PLR1 యొక్క 'క్రియారహిత' రూపం యూథేరియన్ క్షీరదాలకు పరిమితం చేయబడింది. సకశేరుక PTL-వంటి జన్యువులు సకశేరుక పూర్వీకుల నుండి పుట్టుకొచ్చాయి, పూర్వీకుల PTL-వంటి పూర్వీకుల జన్యువు యొక్క జన్యు నకిలీ సంఘటనల తరువాత. PTL-వంటి జన్యు పరిణామం యొక్క రెండు వేర్వేరు పంక్తులు దిగువ సకశేరుకాలలో (PTL/PLR1 మరియు PLR2) ప్రతిపాదించబడ్డాయి, ప్రైమేట్ జన్యువుల కోసం తదుపరి జన్యు డూప్లికేషన్ ఈవెంట్ (PLR2/PLR3).