జర్నల్ ఆఫ్ ప్లాంట్ పాథాలజీ & మైక్రోబయాలజీ

నైరూప్య

PCR ఆధారిత వైవిధ్య అధ్యయనాల కోసం S. Rolfsii DNAని సంగ్రహించడానికి ఒక సాధారణ మరియు సమర్థవంతమైన పద్ధతి

పురుషుడు AS, కటో F మరియు Mukankusi CM

Sclerotium rolfsii నుండి DNAను సంగ్రహించే ప్రస్తుత పద్ధతులు అధిక నాణ్యత DNAని సేకరించేందుకు చాలా ప్రమాదకర సేంద్రీయ రసాయనాలను ఉపయోగిస్తున్నాయి. DNA యొక్క వెలికితీత ఎక్సోపాలిసాకరైడ్‌ల ద్వారా మరింత క్లిష్టంగా ఉంటుంది, ఇది DNAతో బంధిస్తుంది, అది శ్లేష్మంగా మారుతుంది. S. rolfsii నుండి DNA అధిక నాణ్యతను సంగ్రహించడానికి మేము సరళమైన మరియు సమర్థవంతమైన ప్రోటోకాల్‌ను అభివృద్ధి చేసాము. మా పద్ధతి ప్రోటీన్లను నిష్క్రియం చేయడానికి సోడియం డోడెసిల్ సల్ఫేట్ మరియు ప్రోటీనేజ్ K కలిగి ఉన్న DNA వెలికితీత బఫర్‌ను ఉపయోగిస్తుంది మరియు ఎక్సోపాలిసాకరైడ్‌లను అవక్షేపించడానికి అధిక ఉప్పు సాంద్రతను ఉపయోగిస్తుంది. DNA వెలికితీత ప్రక్రియలో ఇది ఫినాల్, క్లోరోఫామ్ లేదా ఐసోఅమైల్ ఆల్కహాల్‌ను ఉపయోగించదు. ఇది ద్రవ నత్రజనిని ఉపయోగించడంలో మైసిలియా యొక్క ఫ్రీజ్ ఎండబెట్టడం మరియు గ్రౌండింగ్ అవసరం లేదు. మా పద్ధతిని ఉపయోగించి, 100 mg మైసిలియా నుండి తగినంత స్వచ్ఛమైన (సగటు A260: A280=1.91 ± 0.001) DNA (సగటు = 55.57 ± 0.002 ng/µl) పొందబడింది. DNA అంతర్-సింపుల్ సీక్వెన్స్ రిపీట్ ప్రైమర్‌లు మరియు S. rolfsii యొక్క అంతర్గత లిప్యంతరీకరణ స్పేసర్ ప్రాంతాన్ని లక్ష్యంగా చేసుకుని ప్రైమర్‌లను ఉపయోగించి PCR యాంప్లిఫికేషన్‌కు అనుకూలంగా ఉంది. ద్రవ నత్రజని మరియు ఫ్రీజ్ డ్రైయింగ్ సౌకర్యాలకు ప్రాప్యత లేని ప్రయోగశాలలలో మా పద్ధతి చాలా ఉపయోగకరంగా ఉంటుంది మరియు సాధారణ బీన్ యొక్క ఈ ముఖ్యమైన వ్యాధికారక PCR-ఆధారిత ఫైలోజెనెటిక్ అధ్యయనాలకు ఉత్ప్రేరకంగా ఉంటుంది.