జర్నల్ ఆఫ్ డేటా మైనింగ్ ఇన్ జెనోమిక్స్ & ప్రోటీమిక్స్

నైరూప్య

మొక్కలలో మైక్రోఆర్ఎన్ఎ ఐడెంటిఫికేషన్ కోసం ఒక గణన విధానం: RNA-Seq డేటాతో జీనోమ్-ఆధారిత అంచనాలను కలపడం

జార్జ్ ఎస్ ఒలివేరా, నునో డి మెండిస్, విక్టర్ కరోచా, క్లారా గ్రాకా, జార్జ్ ఎ పైవా మరియు అనా టి ఫ్రీటాస్

మైక్రోఆర్‌ఎన్‌ఏలు లక్ష్య మెసెంజర్ ఆర్‌ఎన్‌ఏలను నిశ్శబ్దం చేయడం ద్వారా పనిచేసే ఎండోజెనస్ అణువులు మరియు మొక్కలు మరియు జంతువులలో అనేక శారీరక ప్రక్రియలలో ముఖ్యమైన నియంత్రణ పాత్రను కలిగి ఉంటాయి. ఇక్కడ, జంతువులలో మైక్రోఆర్ఎన్ఎ ఆవిష్కరణ కోసం మొదట అభివృద్ధి చేసిన సింగిల్-జీనోమ్ మైక్రోఆర్ఎన్ఎ ఫైండింగ్ టూల్ అయిన CRAVELAని ఉపయోగించుకునే పైప్‌లైన్‌ను మరియు అభ్యర్థుల వ్యక్తీకరణ ప్రొఫైల్‌ను అంచనా వేయడానికి ఒక నవల స్కోరింగ్ ఫంక్షన్‌ను అందించే NGS డేటా విశ్లేషణ అల్గారిథమ్‌ను మేము ప్రతిపాదిస్తాము. మైక్రోఆర్ఎన్ఎ పూర్వగామి యొక్క ఇతర భాగాలతో పోల్చితే, పరిపక్వ శ్రేణి నుండి ఉద్భవించిన RNA శకలాలు ఆశించిన సాపేక్ష సమృద్ధి. ఈ విధానం యూకలిప్టస్ sppలో పరీక్షించబడింది. దీని కోసం, వాటి ఆర్థిక ప్రాముఖ్యత ఉన్నప్పటికీ, మైక్రోఆర్ఎన్ఏలు ఏవీ డాక్యుమెంట్ చేయబడలేదు. మా విధానం యొక్క ఫలితం సంరక్షించబడిన మరియు సంరక్షించబడని సీక్వెన్స్‌లతో సహా అభ్యర్థుల యొక్క చిన్న జాబితా. ప్రయోగాత్మక ధ్రువీకరణ ఉత్తమ-స్కోరింగ్ కాని సంరక్షించని సీక్వెన్స్‌ల నుండి ఎంపిక చేయబడిన 8 మంది అభ్యర్థులలో 6 మందిలో విస్తరణను చూపింది.