జర్నల్ ఆఫ్ డేటా మైనింగ్ ఇన్ జెనోమిక్స్ & ప్రోటీమిక్స్

నైరూప్య

GMO మరియు నాన్-GMO సోయాబీన్ నుండి విత్తనంలోని ప్రోటీన్ మరియు ఫినోలిక్ సమ్మేళనాల పోలిక

సావిత్రి ఎస్ నటరాజన్*, ఫరూఖ్ హెచ్ ఖాన్, దావానంద్ ఎల్ లుత్రియా, మార్క్ ఎల్ టక్కర్, క్విజియాన్ సాంగ్, వెస్లీ ఎం గారెట్

సోయాబీన్ ప్రోటీన్ మానవ మరియు జంతువుల ఆహారంలో విలువైన మరియు ముఖ్యమైన భాగం. USలో నాటిన సోయాబీన్‌లో దాదాపు 94% నాణ్యత మరియు ఉత్పాదకతను పెంచడానికి జన్యుపరంగా మార్పు (GM) చేయబడింది. జన్యుమార్పిడి ద్వారా విలువ ఆధారిత లక్షణాలు నిరంతరం అభివృద్ధి చేయబడుతున్నాయి కాబట్టి, GM సోయాబీన్ విత్తనాలలో ఏదైనా అనుకోని మార్పులు సంభవిస్తాయో లేదో గుర్తించడం చాలా ముఖ్యం. ఈ పరిశోధనలో, మేము హెర్బిసైడ్-రెసిస్టెన్స్ సెలెక్టబుల్ జీన్ (బార్) మరియు β-గ్లూకురోనిడేస్ (GUS) రిపోర్టర్ కోసం జన్యువులను కలిగి ఉన్న ఒకే ఆగ్రోబాక్టీరియం ట్యూమ్‌ఫేసియన్స్ T-DNA ఇన్సర్ట్‌తో ఈవెంట్ 1,2 మరియు 3ని సూచించే మూడు విభిన్న ట్రాన్స్‌జెనిక్ లైన్‌లను ఎంచుకున్నాము. డబుల్ 35S కాలీఫ్లవర్ మొజాయిక్ వైరస్ (CaMV) ప్రమోటర్ ఉపయోగించి వ్యక్తీకరించబడిన జన్యువు మరియు వరుసగా ఒక సోయాబీన్ పాలీగాలాక్టురోనేస్ (గ్లైమా12g01480) ప్రమోటర్. ట్రాన్స్జెనిక్ లైన్లు మరియు నాన్ట్రాన్స్జెనిక్ ప్రొజెనిటర్ ఐసోలిన్ (నియంత్రణ) ప్రోటీమిక్ మరియు ఫినోలిక్ సమ్మేళనం విశ్లేషణ రెండింటికీ ఉపయోగించబడింది. సీడ్ ప్రోటీన్లు రెండు-డైమెన్షనల్ పాలియాక్రిలమైడ్ జెల్ ఎలెక్ట్రోఫోరేసిస్ (2D-PAGE) ద్వారా వేరు చేయబడ్డాయి. ప్రతి ప్రోటీన్ సారానికి సుమారుగా 1300 ప్రోటీన్ స్పాట్‌లు కనుగొనబడ్డాయి, నియంత్రణ మరియు మూడు ఈవెంట్‌ల కోసం ప్రోటీన్ జెల్‌లలో వాటి సాపేక్ష సమృద్ధిలో సాఫ్ట్‌వేర్-నిర్ణయించిన తేడాలు (ANOVA) ఆధారంగా తదుపరి విశ్లేషణ కోసం 30 మచ్చలు ఎంపిక చేయబడ్డాయి. బోన్‌ఫెరోని దిద్దుబాటు తర్వాత తదుపరి గణాంక విశ్లేషణ ముప్పై ప్రోటీన్ మచ్చలలో రెండు మాత్రమే సమృద్ధిగా 1% సంభావ్యత స్థాయిలో గణనీయంగా భిన్నంగా ఉన్నాయని సూచించింది. రెండు ప్రోటీన్ మచ్చలు, ఒక ఐసోఫ్లేవోన్ రిడక్టేజ్ మరియు క్వినైన్ ఆక్సిడోరేడక్టేజ్ లాంటి ప్రోటీన్, ఈవెంట్ 2లో నియంత్రణ మరియు ఇతర రెండు ట్రాన్స్‌జెనిక్ సంఘటనల నుండి గణనీయంగా భిన్నంగా ఉంటాయి. మొత్తం ముప్పై ప్రోటీన్ స్పాట్‌లు మాస్ స్పెక్ట్రోమెట్రీ (MS) ద్వారా విశ్లేషించబడ్డాయి మరియు గుర్తించబడ్డాయి, ఆ తర్వాత మస్కట్‌ని ఉపయోగించి NCBI డేటాబేస్‌ల శోధన శోధన ఇంజిన్. ప్రోటీన్‌తో పాటు, రెండు తరగతుల ఫినాలిక్ సమ్మేళనాలు, ఐసోఫ్లేవనాయిడ్స్ మరియు ఫినోలిక్ యాసిడ్‌లను LC-MS విశ్లేషించింది. ఫలితాలు నియంత్రణలోని ఫినోలిక్ సమ్మేళనాల తరగతికి లేదా మూడు ట్రాన్స్‌జెనిక్ సంఘటనలకు మొత్తం లేదా ప్రొఫైల్‌లో క్రమబద్ధమైన తేడాలు లేవని సూచించాయి.