జర్నల్ ఆఫ్ మైక్రోబియల్ & బయోకెమికల్ టెక్నాలజీ

నైరూప్య

బాక్టీరియా యొక్క qPCR గుర్తింపుపై ముందస్తు చికిత్సల ప్రభావాలు - బాక్టీరియా సూచిక, ఒక మోడల్‌గా ఎంట్రోకోకస్

షిన్ గీక్ గో మరియు కరీనా యూ-హూంగ్ గిన్

ప్రస్తుత వినోద నీటి మార్గదర్శకాలు (ఉదా USEPA మరియు WHO) మంచినీరు మరియు సముద్ర జలాలు రెండింటికీ సూచికగా ఎంట్రోకోకిని సిఫార్సు చేస్తున్నాయి. ఎంటర్‌కోకి ఉనికిని లెక్కించడానికి దశాబ్దాలుగా సంస్కృతి-ఆధారిత పద్ధతిని ఉపయోగిస్తున్నారు. 2012 సంవత్సరంలో, వినోద నీటి కోసం USEPA మార్గదర్శకంలో qPCR ఎంటర్‌కోకిని గుర్తించడానికి ప్రత్యామ్నాయ పద్ధతిగా చేర్చబడింది. సంస్కృతి-ఆధారిత పద్ధతిలో qPCR పద్ధతికి ఎక్కువ పొదిగే సమయం అవసరం లేదు. అదనంగా, ఇది అధిక నిర్దిష్టత మరియు సున్నితత్వాన్ని గుర్తించే ప్రయోజనాలను అందిస్తుంది. అయినప్పటికీ, qPCR మూడు ప్రధాన పరిమితి కారకాలచే ఆటంకమైంది. qPCR ద్వారా విశ్లేషించబడిన చిన్న పరిమాణంలో నమూనాలో పరిమిత లక్ష్య సెల్ ఉంది, qPCR యొక్క సున్నితమైన గుర్తింపును సులభంగా ప్రభావితం చేసే ఇన్హిబిటర్ల ఉనికి మరియు qPCR లో తప్పుడు-పాజిటివ్ సిగ్నల్‌కు కారణమైన ఉచిత DNA (డెడ్ సెల్ నుండి విడుదలైన DNA) యొక్క స్థిరత్వం. . అలాగే, qPCR గుర్తింపు యొక్క ఖచ్చితత్వానికి అప్‌స్ట్రీమ్ చికిత్సలు కీలకమైనవి. మూడు వేర్వేరు పూర్వ-ఏకాగ్రత పద్ధతులు (i) నైలాన్ పొరతో వడపోత; (ii) పాలికార్బోనేట్ పొరతో వడపోత మరియు (ii) సెంట్రిఫ్యూగేషన్, వాటి రికవరీ రేటు కోసం పరిశీలించబడ్డాయి. పాలికార్బోనేట్ పొరతో వడపోత నమూనా మాత్రికలతో సంబంధం లేకుండా అధిక రికవరీ సామర్థ్యాన్ని మరియు స్థిరత్వ ఫలితాలను ఇస్తుందని కనుగొనబడింది. సంప్రదాయ DNA వెలికితీత మరియు వాణిజ్యపరంగా లభించే రెండు DNA వెలికితీత కిట్‌లు సేకరించిన DNA యొక్క స్వచ్ఛత మరియు వెలికితీత యొక్క సాపేక్ష రికవరీ సామర్థ్యం ప్రకారం మూల్యాంకనం చేయబడ్డాయి. కమర్షియల్ కిట్, QIAamp® DNA మినీ కిట్ (Qiagen) అత్యుత్తమ పనితీరును అందించిందని ఫలితాలు చూపిస్తున్నాయి. QIAamp® DNA మినీ కిట్‌లోని సిలికా పొరల అప్లికేషన్ ఇన్హిబిటర్‌ల కనీస జోక్యంతో DNA రికవరీని మెరుగుపరుస్తుందని నిరూపించబడింది. ఇథిడియం మోనోజైడ్ (EMA) మరియు ప్రొపిడియం మోనోజైడ్ (PMA) qPCRలో తప్పుడు-పాజిటివ్ సిగ్నల్‌ను తగ్గించడంలో వాటి పనితీరు కోసం మూల్యాంకనం చేయబడ్డాయి. మెమ్బ్రేన్ కాంప్రమైజ్డ్ సెల్‌లో DNA యొక్క తప్పుడు-సానుకూల గుర్తింపును తగ్గించడానికి PMA మెరుగైన ఎంపికను అందించినట్లు కనిపించింది.