జర్నల్ ఆఫ్ డేటా మైనింగ్ ఇన్ జెనోమిక్స్ & ప్రోటీమిక్స్

నైరూప్య

స్లాప్‌మ్యాప్: ఖచ్చితమైన K-Mer మ్యాచింగ్‌ని ఉపయోగించి ఇలాంటి సీక్వెన్స్‌ల త్వరిత మరియు సౌకర్యవంతమైన గుర్తింపు కోసం సాఫ్ట్‌వేర్ అప్లికేషన్ సాధనం

ఇలియా Y Zhbannikov, శామ్యూల్ S హంటర్, మాథ్యూ L సెటిల్స్ మరియు జేమ్స్ ఎ ఫోస్టర్

నెక్స్ట్-జనరేషన్ (NG) సీక్వెన్సింగ్ రావడంతో, మొత్తం జీనోమ్‌ను త్వరగా మరియు తక్కువ ఖర్చుతో క్రమం చేయడం సాధ్యమైంది. అయినప్పటికీ, కొన్ని ప్రయోగాలలో శ్రేణి రీడ్‌లలో కొంత భాగాన్ని మాత్రమే సంగ్రహించడం మరియు అసెంబ్లింగ్ చేయడం అవసరం, ఉదాహరణకు ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ అధ్యయనాలు చేసేటప్పుడు, మైటోకాన్డ్రియల్ జన్యువులను క్రమం చేసేటప్పుడు లేదా ఎక్సోమ్‌లను వర్గీకరించేటప్పుడు. పూర్తి జన్యువు యొక్క ముడి DNA-లైబ్రరీతో ఆసక్తి ఉన్న రీడ్‌లను గుర్తించడం ఒక చిన్న సమస్యగా కనిపిస్తుంది. అయితే అసెంబ్లర్ యొక్క ఫైల్ ఇన్‌పుట్‌లకు అనుకూలత లేకపోవటం వల్ల గాని, అసెంబ్లీ దశకు ముందు నేరుగా BLAST, BLAT, Bowtie మరియు SOAP వంటి సుప్రసిద్ధ సాధనాలను బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ పైప్‌లైన్‌లలోకి చేర్చడం ఎల్లప్పుడూ సులభం కాదు. విడిగా సంగ్రహించవలసిన సమాచారాన్ని చేర్చడం అవసరం. ఉదాహరణకు, న్యూబ్లర్ అసెంబ్లర్‌లో రోచె 454 సీక్వెన్సర్ నుండి ఫ్లోగ్రామ్‌లను చేర్చడానికి మొదట వాటిని అసలు SFF ఫైల్‌ల నుండి సంగ్రహించడం అవసరం. మేము Roche 454 లేదా Illumnia DNA లైబ్రరీ నుండి అందించబడిన లక్ష్య శ్రేణుల మాదిరిగానే త్వరిత గుర్తింపును అనుమతించే బయోఇన్ఫర్మేటిక్స్ సాఫ్ట్‌వేర్ యుటిలిటీ అయిన SlopMapని అందిస్తున్నాము. అసెంబ్లీ ప్రోగ్రామ్‌లకు అనుకూలమైన ఫైల్ అవుట్‌పుట్ ఫార్మాట్‌లతో పాటు సరళమైన మరియు స్పష్టమైన కమాండ్-లైన్ ఇంటర్‌ఫేస్‌తో, స్లాప్‌మ్యాప్‌ను ఎటువంటి అదనపు ప్రోగ్రామింగ్ పని లేకుండా నేరుగా బయోలాజికల్ డేటా ప్రాసెసింగ్ పైప్‌లైన్‌లో పొందుపరచవచ్చు. అదనంగా, SlopMap Roche 454 అసెంబ్లర్‌కు అవసరమైన ఫ్లోగ్రామ్ సమాచారాన్ని భద్రపరుస్తుంది.