జర్నల్ ఆఫ్ డేటా మైనింగ్ ఇన్ జెనోమిక్స్ & ప్రోటీమిక్స్

నైరూప్య

ప్రిన్సిపల్ కాంపోనెంట్ అనాలిసిస్ ఉపయోగించి RNA జోక్యం ఆఫ్-టార్గెట్ స్క్రీనింగ్

జాకబ్ ముల్లర్, మైఖేల్ W. Pfaffl

ఏదైనా RNAi-నాక్‌డౌన్ అప్లికేషన్‌లో ఆఫ్-టార్గెట్ ప్రభావాలు ప్రధాన సమస్యగా ఉంటాయి. హీట్ మ్యాప్ మరియు ప్రిన్సిపల్ కాంపోనెంట్ అనాలిసిస్ (PCA) ద్వారా మూల్యాంకనం చేయబడిన సెల్ కల్చర్ లాస్-ఆఫ్-ఫంక్షన్ అధ్యయనాలు PCA ఉత్పన్నమైన ప్లాట్‌లు ఆఫ్-టార్గెట్ ప్రభావాలను స్పష్టంగా చూడగలవని మేము గ్రహించాము. మా సెల్ కల్చర్ మోడల్‌లో ఆఫ్-టార్గెట్ ఎఫెక్ట్స్ లేకపోవడం వల్ల PCAని ఎలా ఉపయోగించవచ్చో ప్రదర్శించడానికి మేము ఇన్ సిలికో డేటా మోడల్‌ని సృష్టించాము. సిలికో మాడ్యులేషన్‌లో సమర్పించబడిన జన్యు వ్యక్తీకరణపై వివిధ చికిత్సల ప్రభావాన్ని అనుకరించడం సాధ్యమవుతుంది. ఔషధ చికిత్స లేదా చొప్పించిన నాక్‌డౌన్‌ల ద్వారా సంభవించే తెలిసిన ప్రభావాలను తెలియని ఆఫ్-టార్గెట్ ప్రభావాల నుండి స్పష్టంగా వేరు చేయవచ్చు. వివిధ యాదృచ్ఛిక జన్యు వ్యక్తీకరణ డేటా సెట్‌లను సృష్టించడం ద్వారా, హీట్ మ్యాప్ జన్యు నియంత్రణ నమూనాతో పోలిస్తే PCA మరింత ప్రభావవంతమైన ఆఫ్-టార్గెట్ ప్రభావాన్ని కేటాయించగలదని మేము ప్రదర్శిస్తాము.