జర్నల్ ఆఫ్ మైక్రోబియల్ & బయోకెమికల్ టెక్నాలజీ

నైరూప్య

rRNA మాలిక్యూల్స్‌తో పోలిస్తే అమినోగ్లైకోసైడ్‌ల కోసం రిబోస్విచ్‌లు సంభావ్య లక్ష్యాలు: సిలికో అధ్యయనంలో

ఎల్నాజ్ మెహదిజాదే అగ్దమ్, మొహమ్మద్ ఎస్మాయిల్ హెజాజీ, మొహమ్మద్ సయీద్ హెజాజీ మరియు అబోల్ఫాజల్ బార్జెగర్

రిబోస్విచ్‌లు mRNAల యొక్క నాన్-కోడింగ్ ప్రాంతంలో సిస్ యాక్టింగ్ రైబోరెగ్యులేటర్‌లు. ముఖ్యంగా బ్యాక్టీరియాలోని FMN, TPP మరియు లైసిన్ రిబోస్విచ్‌ల కోసం యాంటీబయాటిక్ టార్గెటింగ్‌లో వారి సహకారం దశాబ్దం క్రితం నుండి వెల్లడైంది. అమినోగ్లైకోసైడ్లు మరియు కృత్రిమ రైబోస్విచ్‌ల మధ్య పరస్పర చర్య యొక్క అవకాశంపై కొన్ని అధ్యయనాలకు సంబంధించి, ఈ అధ్యయనంలో మేము జెంటామిసిన్, అమికాసిన్, కనామైసిన్, నియోమైసిన్, టోబ్రామైసిన్, సిసోమిసిన్ మరియు పరోమోమైసిన్ వంటి వివిధ రకాలైన అమినోగ్లైకోసైడ్‌ల యొక్క బైండింగ్ సామర్థ్యాన్ని అంచనా వేయడానికి ప్రయత్నించాము. గణన పద్ధతులను ఉపయోగించడం. ఆటో డాక్ వినాని వర్తింపజేస్తే, వివిధ రకాలైన అమినోగ్లైకోసైడ్‌లతో (రైబోస్విచ్‌లు/అమినోగ్లైకోసైడ్‌లు) ప్రతి రకమైన రైబోస్విచ్‌ల బైండింగ్ శక్తి దాదాపుగా సారూప్యంగా ఉంటుంది లేదా "16S rRNA A యొక్క సంబంధిత బంధన పంజరంతో అమినోగ్లైకోసైడ్ యొక్క బైండింగ్ శక్తి కంటే కొన్నిసార్లు ఎక్కువ" అని చూపబడింది. సైట్” (16S rRNA A సైట్/అమినోగ్లైకోసైడ్స్) వలె అమినోగ్లైకోసైడ్స్ టార్గెట్ సైట్. రైబోస్విచ్‌లు మరియు అమినోగ్లైకోసైడ్‌ల మధ్య అనుబంధం రైబోస్విచ్‌లు/సహజ లిగాండ్‌ల అనుబంధం కంటే దాదాపు అదే లేదా ఎక్కువ. ఈ అధ్యయనంలో యాంపిసిలిన్ ప్రతికూల నియంత్రణ యాంటీబయాటిక్‌గా ఉపయోగించబడింది మరియు 5S rRNA ప్రతికూల నియంత్రణ RNAగా ఉపయోగించబడింది. రిబోస్విచ్‌లు/ఆంపిసిలిన్ మరియు 5S rRNA/అమినోగ్లైకోసైడ్‌ల బైండింగ్ ఎనర్జీలు సాధారణంగా రైబోస్విచ్‌లు/అమినోగ్లైకోసైడ్‌ల శక్తి కంటే తక్కువగా ఉన్నాయని ఫలితాలు చూపించాయి. దీని ప్రకారం, లైసిన్, గ్లైసిన్ మరియు SAM-I రైబోస్విచ్‌లు అమినోగ్లైకోసైడ్‌లన్నింటికీ అత్యుత్తమ RNA లక్ష్యాలుగా గుర్తించబడ్డాయి ఎందుకంటే వాటి అధిక బంధన శక్తి. తదుపరి దశలో, rDock ప్రోగ్రామ్ ద్వారా డాకింగ్ ఫలితాలు మరింత ధృవీకరించబడ్డాయి. ఇంకా, అమినోగ్లైకోసైడ్‌లు మరియు రైబోస్విచ్‌ల మధ్య బంధించే శక్తిలో హైడ్రోజన్ బైండింగ్ కీలక పాత్ర పోషిస్తుందని చూపబడింది. అంతేకాకుండా, లైసిన్ రిబోస్విచ్/పరోమోమైసిన్ కాంప్లెక్స్‌పై MD అనుకరణ అధ్యయనాలు మెగ్నీషియం మరియు క్లోరైడ్ అయాన్‌లను కలిగి ఉన్న ద్రావకంలో డాక్ చేయబడిన నిర్మాణం యొక్క స్థిరత్వాన్ని నిర్ధారించాయి.