జర్నల్ ఆఫ్ ప్లాంట్ పాథాలజీ & మైక్రోబయాలజీ

నైరూప్య

లుటియోవైరస్ మరియు PAV-బార్లీ ఎల్లో డ్వార్ఫ్ వైరస్ యొక్క సంబంధం

హోడా MA వజీరి*, హలా ఎ అమీన్, KE సాకర్, AM సోలిమాన్

ఈజిప్టులో పెరిగిన గోధుమ మొక్కల నుండి వేరుచేయబడిన బార్లీ ఎల్లో డ్వార్ఫ్ వైరస్ (BYDV-PAV) వర్గీకరించబడింది. ఓపెన్ రీడింగ్ ఫ్రేమ్ (ORF1)లో ఉన్న పాలిమరేస్ జన్యువు (P1) మరియు ఓపెన్ రీడింగ్ ఫ్రేమ్ (ORF3)లో ఉన్న కోట్ ప్రోటీన్ జన్యువు (CP) కోసం బార్లీ ఎల్లో డ్వార్ఫ్ వైరస్ (BYDV-PAV) వేరుచేయబడిన రెండు కోడింగ్ ప్రాంతాలు లక్ష్యంగా చేయబడ్డాయి. జెన్‌బ్యాంక్‌లోని BYDV-PAV ఐసోలేట్ ప్రకారం నిర్దిష్ట ప్రైమర్‌ల యొక్క రెండు సెట్‌లు రూపొందించబడ్డాయి. BYDV-PAV యొక్క ఈజిప్షియన్ ఐసోలేట్ యొక్క ORF1 మరియు ORF3 యొక్క DNA శకలాలు క్లోన్ చేయబడ్డాయి మరియు క్రమం చేయబడ్డాయి. ఈ క్రమంలో వైరల్ పాలిమరేస్ జన్యువు (P1) కోసం పూర్తి-నిడివి గల ORF1 కోడింగ్ ఉంది. ఇది 910 ముడి పొడవును కలిగి ఉంటుంది, ఇది 34.67 యొక్క M(r)తో 303 అమైనో ఆమ్లాల అంచనా పాలీపెప్టైడ్ గొలుసును ఎన్కోడ్ చేస్తుంది. మరోవైపు, వైరల్ కోట్ ప్రోటీన్ కోసం ORF3 కోడింగ్ కోసం సీక్వెన్స్ డేటా 603 bp పొడవు ఉందని వెల్లడించింది, ఇది 21.96 KDa పరమాణు బరువుతో అంచనా వేయబడిన ప్రోటీన్ 200 అమైనో ఆమ్లాలను ఎన్కోడ్ చేస్తుంది. అయినప్పటికీ, NCBI జెన్‌బ్యాంక్‌లో అందుబాటులో ఉన్న ఐసోలేట్‌లతో ఈజిప్షియన్ ఐసోలేట్ Egy-Wz యొక్క బహుళ శ్రేణి అమరికల ఆధారంగా ఫైలోజెనెటిక్ హోమోలజీ ట్రీ, పాలిమరేస్ జన్యువు (P1) 76.5%-99% మరియు 71.6%-93.2% సీక్వెన్స్ ఐడెంటిటీలను అమినో వద్ద పంచుకున్నట్లు వెల్లడించింది. 05GG2, PAVతో ఆమ్లం మరియు న్యూక్లియోటైడ్ స్థాయిలు 014 మరియు PAV014, PAV-Aus వరుసగా వేరుచేస్తుంది. మరోవైపు, కోట్ ప్రోటీన్ జన్యువు (CP) వరుసగా అమైనో ఆమ్లం మరియు న్యూక్లియోటైడ్ స్థాయిలో 06KM14 మరియు 05GG2 అనే రెండు ఐసోలేట్‌లతో 85.1% -99.5% మరియు 89.7% -99.2% శ్రేణి సారూప్యతను చూపించింది.