జర్నల్ ఆఫ్ డేటా మైనింగ్ ఇన్ జెనోమిక్స్ & ప్రోటీమిక్స్

నైరూప్య

నైట్రిలేసెస్ కోసం మోటిఫ్ డిజైన్

నిఖిల్ శర్మ మరియు టేక్ చంద్ భల్లా

నైట్రిలేస్ అనేది నైట్రైల్ జీవక్రియ ఎంజైమ్‌లలో ఒకటి, ఇది గ్రీన్ కెమిస్ట్రీలో ప్రాముఖ్యతను సంతరించుకున్న నైట్రైల్‌లను సంబంధిత ఆమ్లాలకు మార్చడాన్ని ఉత్ప్రేరకపరుస్తుంది. నైట్రిలేస్ సబ్‌స్ట్రేట్ నిర్దిష్టంగా ఉన్నప్పటికీ, ఇది అనేక రకాల నైట్రైల్స్ (అలిఫాటిక్/ఆరోమాటిక్)పై పనిచేస్తుంది, తేలికపాటి జలవిశ్లేషణలో దాని ప్రయోజనం కారణంగా దృష్టిని ఆకర్షించింది. ఇప్పటివరకు నివేదించబడిన చాలా నైట్రిలేస్‌లు సూక్ష్మజీవులు/మొక్కల మూలాల నుండి భౌతికంగా సంగ్రహించబడినవి. నైట్రిలేస్‌ల కోసం సీక్వెన్స్‌లను గుర్తించడానికి రెండు గ్రూపుల మోటిఫ్‌లు రూపొందించబడ్డాయి అంటే అలిఫాటిక్ నైట్రిలేస్ మోటిఫ్స్ (MDMAl) మరియు సుగంధ నైట్రిలేస్ మోటిఫ్‌లు (MDMAr) ఒక్కొక్కటి ప్రత్యేకంగా సంరక్షించబడిన ఉత్ప్రేరక త్రయం (Glu-138, Lys-138, Lys-138, Lys-138, Lys-138, 165) దీని కోసం మార్కర్‌గా ఉపయోగించవచ్చు నైట్రిలేస్. మోటిఫ్ ఎలిసిటేషన్ (MEME) కోసం మల్టిపుల్ EM ఉపయోగించి మల్టిపుల్ సీక్వెన్స్ అలైన్‌మెంట్ (MSA) చేయడం ద్వారా సంరక్షించబడిన ప్రాంతాలు గుర్తించబడ్డాయి. మాన్యువల్‌గా రూపొందించిన మోటిఫ్‌లు (MDMలు) ScanProsite ద్వారా ధృవీకరించబడ్డాయి మరియు వాటి ఉనికి PRATT, Gblocks మరియు MEME ద్వారా కూడా నిర్ధారించబడింది. MDMArకి వ్యతిరేకంగా ScanProsite శోధన మొక్క, జంతువులు మరియు సూక్ష్మజీవుల నుండి సుగంధ నైట్రిలేస్ యొక్క కొన్ని కొత్త వనరులను ప్రదర్శించింది, అయితే MDMAl సూక్ష్మజీవుల నుండి నైట్రిలేస్‌ను మాత్రమే ప్రదర్శించింది. నైట్రైల్స్ కోసం వాటి ఉపరితల విశిష్టతను నిర్ధారించడానికి ప్రత్యేకమైన మూలాంశాలను గుర్తించడంతో పాటు, కొన్ని ముఖ్యమైన భౌతిక రసాయన పారామితులను అధ్యయనం చేయడం మరియు నిర్దిష్ట అమైనో ఆమ్లాలను ఉంచడం ద్వారా యాదృచ్ఛికంగా ఎంచుకున్న సీక్వెన్సులు ధృవీకరించబడ్డాయి.