జర్నల్ ఆఫ్ మైక్రోబియల్ & బయోకెమికల్ టెక్నాలజీ

నైరూప్య

ఎస్చెరిచియా కోలిలోని YdcI ట్రాన్స్‌క్రిప్షనల్ రెగ్యులేటర్ ద్వారా TCA చక్రం యొక్క జీవక్రియ నియంత్రణ

యూసుకే నిషియో, టోమోకో సుజుకి, కజుహికో మట్సుయి మరియు యోషిహిరో ఉసుదా

సూక్ష్మజీవులను ఉపయోగించి ఉత్పత్తి చేయడానికి జీవక్రియ ఎంజైమ్‌లను ఎన్‌కోడింగ్ చేసే జన్యువుల వ్యక్తీకరణ యొక్క నియంత్రణ మరియు నియంత్రణను అర్థం చేసుకోవడం చాలా ముఖ్యం. రెగ్యులేటరీ నెట్‌వర్క్ సిస్టమ్‌లను గుర్తించడంలో ఉన్న సాంకేతిక ఇబ్బందులను అధిగమించడానికి, మేము ట్రాన్స్‌క్రిప్టోమ్ మరియు జీనోమ్ సీక్వెన్స్ డేటాను కలిపి DNA మూలాంశాన్ని కనుగొనే విధానాన్ని రూపొందించాము. ఇక్కడ, మేము జన్యు-వ్యక్తీకరణ నియంత్రణలో పాల్గొన్న DNA మూలాంశాలను గుర్తించడానికి ఒక నమూనాగా TCA చక్రం మరియు శక్తి జీవక్రియలో పాల్గొన్న జన్యువులను నియంత్రించే Escherichia coli యొక్క ArcAB రెండు-భాగాల వ్యవస్థను ఉపయోగించాము. DNA-శ్రేణి డేటా ΔarcA మరియు ΔarcB E. కోలి జాతుల నుండి అప్-రెగ్యులేటెడ్ జన్యువులను సంగ్రహించడానికి ఉపయోగించబడింది మరియు అప్‌స్ట్రీమ్ సీక్వెన్సులు DNA-మోటిఫ్ అన్వేషణకు లోబడి ఉన్నాయి. సీక్వెన్స్ సారూప్యత మరియు సంరక్షించబడిన అవశేషాలు తెలిసిన ఆర్కా-బైండింగ్ మూలాంశాన్ని మరియు ఒక నవల DNA-మోటిఫ్ అభ్యర్థిని గుర్తించాయి, ఇది పుటేటివ్ LysR-రకం ట్రాన్స్‌క్రిప్షనల్ రెగ్యులేటర్ అయిన YdcIకి సంబంధించినదిగా అంచనా వేయబడింది. gltA జన్యువు యొక్క అప్‌స్ట్రీమ్‌లో ఒక ఊహాత్మక YdcI-బైండింగ్ మూలాంశం కనుగొనబడింది, ఇది TCA చక్రంలోకి కార్బన్ ప్రవాహాన్ని YdcI నియంత్రించవచ్చని సూచిస్తుంది. దీన్ని ధృవీకరించడానికి, ydcI జీన్-యాంప్లిఫైడ్ స్ట్రెయిన్‌లో ఎల్-గ్లుటామిక్-యాసిడ్ ఉత్పత్తి మరియు సిట్రేట్ సింథేస్ కార్యకలాపాలు పరిశోధించబడ్డాయి. YdcI అనేది gltA మరియు ఇతర జన్యువుల వ్యక్తీకరణను నియంత్రించే మరియు TCA చక్రంలోకి కార్బన్ ప్రవాహాన్ని నియంత్రించే ట్రాన్స్‌క్రిప్షన్ కారకం అని మా పరిశోధనలు సూచించాయి.