జర్నల్ ఆఫ్ డేటా మైనింగ్ ఇన్ జెనోమిక్స్ & ప్రోటీమిక్స్

నైరూప్య

లాంగ్ పాలిండ్రోమిక్ సీక్వెన్స్‌లను గుర్తించడం మరియు వర్ణించడం కోసం బియ్యం యొక్క జీనోమ్ మైనింగ్ ( ఒరిజా సాటివా సబ్‌స్పి. ఇండికా )

ఎల్మిరా కటాంచి ఖీవి, అసదోల్లా అహ్మదీఖా మరియు అలీ మొహమ్మదీయన్ మొసమ్మమ్

బియ్యం జన్యువు పూర్తిగా క్రమం చేయబడినందున, జన్యు పరిణామం మరియు తదుపరి అనువర్తనాలను అధ్యయనం చేయడానికి జన్యు-వ్యాప్త స్కేల్‌లో నిర్దిష్ట లక్షణాలను కనుగొనడానికి శోధించడం చాలా ముఖ్యమైనది. పాలిండ్రోమిక్ సీక్వెన్సులు వివిధ సెల్యులార్ ప్రక్రియల నియంత్రణలో పాల్గొన్న ముఖ్యమైన DNA మూలాంశాలు మరియు జన్యు అస్థిరతకు సంభావ్య మూలం. బియ్యం జన్యువులోని పొడవైన పాలిండ్రోమిక్ సీక్వెన్స్‌లను గుర్తించడానికి మరియు వర్గీకరించడానికి జీనోమ్ మైనింగ్ విధానం వర్తించబడింది. అన్ని పాలిండ్రోమ్‌లు, స్పేసర్ DNAతో ఒకేలా విలోమ పునరావృత్తులుగా నిర్వచించబడ్డాయి, వాటి పౌనఃపున్యం, పరిమాణం, GC కంటెంట్, కాంపాక్ట్ ఇండెక్స్ మొదలైన వాటి ప్రకారం విశ్లేషించబడతాయి మరియు క్రమబద్ధీకరించబడతాయి. ఫలితాలు మొత్తం పాలిండ్రోమ్ ఫ్రీక్వెన్సీ బియ్యం జన్యువు (దాదాపు 51000 పాలిండ్రోమ్‌లు)లో ఎక్కువగా ఉన్నట్లు చూపించాయి. ఇది బియ్యం యొక్క న్యూక్లియర్ జీనోమ్‌లో 41.4%ని కవర్ చేస్తుంది, వరుసగా అత్యధిక మరియు అత్యల్ప సంఖ్యలో పాలిండ్రోమ్‌లు ఉన్నాయి. క్రోమోజోమ్ 1 మరియు 12కి చెందినది. పాలిండ్రోమ్ సంఖ్య బియ్యం క్రోమోజోమ్ విస్తరణను బాగా వివరించగలదు (R2>92%). పాలిండ్రోమిక్ సీక్వెన్స్‌ల యొక్క సగటు GC కంటెంట్ 42.1%, ఇది AT-రిచ్‌నెస్‌ని సూచిస్తుంది మరియు అందువల్ల పాలిండ్రోమిక్ సీక్వెన్స్‌ల తక్కువ-సంక్లిష్టతను సూచిస్తుంది. ఫలితాలు వివిధ క్రోమోజోమ్‌లలో పాలిండ్రోమ్‌ల యొక్క విభిన్న కాంపాక్ట్ సూచికలను కూడా చూపించాయి (క్రోమోజోమ్ 8లో 43.2 సిఎమ్‌కి మరియు క్రోమోజోమ్ 3లో 34.5 సిఎమ్‌కి, వరుసగా అత్యధిక మరియు అత్యల్పంగా). సహ-స్థాన విశ్లేషణలో 20% కంటే ఎక్కువ బియ్యం జన్యువులు పాలిండ్రోమిక్ ప్రాంతాలతో అతివ్యాప్తి చెందాయని, ప్రధానంగా క్రోమోజోమ్ చేతులపై దృష్టి కేంద్రీకరించడం జరిగింది. ఈ పరిశోధన ఫలితాల ఆధారంగా బియ్యం జన్యువు దీర్ఘ పాలిండ్రోమిక్ సీక్వెన్స్‌లతో సమృద్ధిగా ఉందని నిర్ధారించవచ్చు, ఇది పరిణామ సమయంలో చాలా వైవిధ్యాలను ప్రేరేపించింది. సాధారణంగా, కాండం మరియు లూప్‌లతో సహా పాలిండ్రోమిక్ సీక్వెన్స్‌ల యొక్క రెండు విభాగాలు AT-రిచ్‌గా ఉంటాయి, ఈ ప్రాంతాలు బియ్యం క్రోమోజోమ్‌ల తక్కువ-సంక్లిష్టత విభాగాలలో ఉన్నాయని సూచిస్తున్నాయి.