జర్నల్ ఆఫ్ డేటా మైనింగ్ ఇన్ జెనోమిక్స్ & ప్రోటీమిక్స్

నైరూప్య

బయోగ్యాన్: సాహిత్యం నుండి జన్యు విధులను గుర్తించే సాధనం

శివ కుమార్, విజయ్‌కుమార్ ఘడాగే, ఇంధుప్రియ సుబ్రమణియన్, ఆర్తి దేశాయ్, వివేక్ కె సింగ్ మరియు అభయ్ జేరే

నేపథ్యం: లైఫ్ సైన్స్ పరిశోధన యొక్క ప్రాథమిక లక్ష్యం సంక్లిష్ట సెల్యులార్ మెకానిజమ్స్ మరియు బహుళ సెల్యులార్ ప్రక్రియలలో వివిధ జన్యువులు/ప్రోటీన్ల పరస్పర చర్యను అర్థం చేసుకోవడం. దీని కోసం, UniProt, ప్రోటీన్ డేటా బ్యాంక్ (PDB) మరియు రియాక్టోమ్ వంటి అనేక ఇతర డేటాబేస్‌లు ఉన్నప్పటికీ బయోమెడికల్ సమాచారం యొక్క ప్రాథమిక మూలం PubMed.

లక్ష్యం: అధిక-నిర్గమాంశ సాంకేతికతలు మరియు బహుళ డేటాబేస్‌ల నుండి అందుబాటులో ఉన్న పెద్ద వాల్యూమ్ డేటాతో, జన్యు-ప్రక్రియ-సమలక్షణం కోసం సంబంధిత సమాచారాన్ని కనుగొనడం ఇప్పుడు చాలా సవాలుగా మరియు దుర్భరంగా మారింది. సమగ్ర సమాచారాన్ని పొందడానికి PubMed మరియు అనేక ఇతర డేటాబేస్‌లను ఏకకాలంలో శోధించడానికి ప్రస్తుతం ఏ సాధనం అందుబాటులో లేదు. అంతేకాకుండా, ఒక సాధారణ పబ్‌మెడ్ శోధన పెద్ద సంఖ్యలో కథనాలను అందిస్తుంది, సంబంధిత సాహిత్యాన్ని గుర్తించడం కోసం మాన్యువల్‌గా పరీక్షించాల్సిన అవసరం ఉంది. అందువల్ల, పబ్‌మెడ్ మరియు ఇతర సంబంధిత డేటాబేస్‌లలో జన్యువులు, సెల్‌టైప్‌లు మరియు సెల్యులార్ ప్రక్రియల కోసం కాంబినేటోరియల్ శోధనను సరళీకృతం చేయడానికి మేము బయోగ్యాన్ అనే సాహిత్య మైనింగ్ సాధనాన్ని అభివృద్ధి చేసాము.

పద్ధతులు: BioGyan వినియోగదారు శోధన పదాలకు సంబంధించిన కథనాలను ర్యాంక్ చేయడానికి బలమైన స్కోరింగ్ పద్ధతిని ఉపయోగిస్తుంది. స్కోరింగ్ పద్ధతి అనేది జన్యువు, ప్రక్రియ మరియు పరస్పర చర్యల సారాంశం యొక్క సహ-సంఘటన యొక్క వెయిటెడ్ మొత్తంపై ఆధారపడి ఉంటుంది.

ఫలితాలు: BioGyan ప్రశ్నించిన జన్యువులు మరియు ప్రక్రియల మధ్య అనుబంధం, పాత్వే డేటాబేస్‌ల నుండి సంబంధిత మార్గాలు మరియు PDB నుండి 3-డైమెన్షనల్ స్ట్రక్చర్‌ల మధ్య అనుబంధానికి మద్దతు ఇచ్చే పబ్‌మెడ్ కథనాలను తిరిగి పొందుతుంది. సులభంగా వీక్షించడానికి, వినియోగదారుకు సంబంధించిన మొత్తం సమాచారం సింగిల్ విండోలో అందుబాటులో ఉంటుంది. బయోగ్యాన్ జన్యు-ప్రక్రియ అసోసియేషన్‌కు కథనాల ఔచిత్యాన్ని అంచనా వేయడంలో 85.46% ఖచ్చితత్వాన్ని చూపించింది మరియు PESCADOR కంటే మెరుగ్గా పనిచేసింది.

ముగింపు: BioGyan జన్యువుల బ్యాచ్ ప్రశ్న అలాగే ప్రక్రియలు, కథనాలను ఆఫ్‌లైన్ రీడింగ్, గ్రంథ పట్టికగా కథనాల జాబితాను ఎగుమతి చేయడం మరియు కథనం ఔచిత్యాన్ని సవరించడానికి వినియోగదారుకు సౌలభ్యం వంటి అనేక కీలక లక్షణాలను కలిగి ఉంది, ఇది సాహిత్య శోధనకు కీలకమైన సాధనంగా మారింది. అందువలన, BioGyan అనేది ఒక ప్రత్యేకమైన సాధనం, ఇది మొత్తం ప్రక్రియను గొప్పగా ఆటోమేట్ చేస్తూ బహుళ డేటాబేస్‌లలో సమగ్ర శోధనను అందిస్తుంది.